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Past, current and future projects of the Biocomputing Hub

You can find the form to request the help of the Biocomputing Hub on a project here:

 

This document should be sent to laurent.modolo@ens-lyon.fr.

 

projects:

2022 Développement d’un pipeline d’alignement et filtrages des données de contact Hi-C « ssDNA-specific » (en attente)
Laurent Modolo
2022 Développement d’un pipeline de traitement de données DamID-seq (running)
Laurent Modolo
2021 Mono-Poly (Running)
Mise en place d’une analyse de type Machine learning permettant de modéliser la distribution des ribosomes dans les fractions monosome et polysome.
2021 Chip-Seq quantitatif (Finished)
Développer un pipeline d’analyse de ChIP-seq calibré (quantitatif)
2020 Splicing Lore index (Paused)
Comment identifier in silico un partenariat ou au contraire un antagonisme fonctionnel entre diverses RBP, de façon à orienter le biologiste vers une validation expérimentale de ces prédictions ? Peut-on développer un outil prédictif permettant de répondre à ces questions à partir de données connues ?
2020 sources radioactives (Finished)
Mise en place d’un outil informatique permettant le suivi en temps réel des sources radioactives et de leurs déchets afin d’être en règle suite à l’inspection du 16 janvier 2020 réalisée par les inspecteurs de l’Autorité de Sûreté nucléaire et au rapport préliminaire qu’ils nous ont adressé.
2020 Pipelines 4C (Running)
Identifier le regroupement physique de gènes en réponse à l’activation de la voir NF-B dans des contextes physiologiques et pathogènes.
2020 Mapping Noise (Finished)
Identification de mutations affectant la variabilité d’expression par BSA-Seq. A partir des données de séquençage d’ADN génomique obtenues, ce projet a pour but de répondre aux questions suivantes : Quelles mutations sont présentes dans le génome des mutants analysés ? (position et nature des mutations) Parmi ces mutations, lesquelles sont associées à des différences de variabilité d’expression du rapporteur fluorescent placé sous contrôle du promoteur TDH3 ? L’approche utilisée pour répondre à la deuxième question étant une approche de « bulk segregant analysis », cette question peut être décomposée en deux sous-questions : 2.1) Quelle est la fréquence de chaque mutation par rapport à l’allèle sauvage dans chacun des trois « bulks » analysés pour chaque mutant ? 2.2) Est-ce que cette fréquence est statistiquement différente dans un des « bulks » par rapport aux deux autres ?
2020 Index TDD (FINISHED)
Nous nous intéressons à l’impact que peut avoir la traduction sur la dégradation des ARN messagers au cours de l’activation de cellules du système immunitaire et son rôle fonctionnel dans la régulation du niveau d’expression des gènes.
2020 Cellules Soeurs (Running)
Mémoire transcriptionnelle et épigénétique au cours des divisions cellulaires
2019 Salmon in Yeast (Finished)
Les souches de laboratoire sont-elles contaminées par de l’ADN de saumon ?
2019 Droso haplo (Finished)
Develop a pipeline for haplotyped RNASeq DNASeq Hi-C data
2018 flexi_splitter (Finished)
Développer un outil informatique capable de séparer les reads en fonction des deux barcodes utilisés.
2018 Déterminer si des jeux d'exons particuliers sont au sein des mêmes isochores, TADs et/ou LADs. (Finished)
Déterminer si des jeux d'exons particuliers sont au sein des mêmes isochores, TADs et/ou LADs.
2018 ChIPSeq pour C.elegans (Paused)
Aider à l’écriture d’un pipeline complet d’analyse de données ChIPSeq pour C.elegans
2018 Analyse tRNAs (Finished)
Démontrer que l’hélicase Sen1 participe à la terminaison de la transcription aux gènes transcrits par RNAP3 chez S. pombe.
2017 Crible Jurkat (Finished)
Recherche de molécules chimiques capables d’induire la dégradation de la protéine TAL1 dans une lignée lymphocytaire, de façon rapide, statistiquement fiable et sans toxicité pour la cellule.