2021 Chip-Seq quantitatif (Finished)
Results
The quantitative chip-seq pipeline is available at the following url:
https://gitbio.ens-lyon.fr/LBMC/Bernard/quantitative-nucleosome-analysis
This project was also written by an M1 student Arnaud Duvermy who wrote a chip-seq analysis pipeline and a nucleosome analysis pipeline
Porteur du projet
Pascal Bernard
Personnes
Pascal Bernard, Léonard Colin (PhD), Esther Toselli, Laurent Modolo
Problématique biologique
Développer un pipeline d’analyses de ChIP-seq calibrées (quantitatives) disponible au LBMC
Il est établi qu’en l’absence de standard interne invariable (spike-in), la ChIP-seq ne fournit pas une mesure quantitative de l’association d’un facteur au génome (Bonhoure et al., 2014; Hu et al., 2015; Orlando et al., 2014). La calibration des ChIP-seq est devenue un gold-standard pour qui veut mesurer l’impact d’une condition donnée (drogue, mutation, etc) sur l’association pan-génomique d’un facteur d’intérêt par ChIP (e.g. comparaison wt vs mutant).
Dans ce contexte, nous avons mis en place dans l’équipe un protocole de ChIP calibrée chez S. pombe qui utilise de la chromatine de S. cerevisiae comme référentiel de calibration (spike-in control). Parallèlement, Arnaud Duvermy, stagiaire de M1-bioinfo dans l’équipe Bernard, a entrepris l’implémentation d’un pipeline d’analyse de ChIP-seq calibrée, sous la supervision de Laurent Modolo, en s’inspirant d’approches décrites dans la littérature (Bonhoure et al., 2014; Hu et al., 2015; Jeronimo et al., 2019; Orlando et al., 2014). Le pipeline a été testé avec des données publiées de ChIP-seq calibrée RNA Pol II en séquençage single-end (Larochelle et al., 2018), mais n’a pu être achevé afin la fin du stage afin qu’il traite également des données de séquençage paired-end.
Questions
L’objectif du projet est (1) d’achever la mise en place du pipeline afin que ce dernier traite des données paired-end et qu’il fournisse aux utilisateurs notamment le nombre de reads obtenus avec le génome test et le génome de calibration, (2) de vérifier le bon fonctionnement du pipeline avec des données récentes de ChIP-seq calibrée de condensine, en paired-end, obtenues par l’équipe Bernard, et (3) d’améliorer la qualité de la calibration en appliquant une normalisation full quantile qui prend en compte la totalité de la couverture des génomes test et calibrateur. Ce dernier point pourrait donner lieu à la publication du pipeline.
Données
Des données de ChIP-seq calibrées de condensine S. pombe avec séquençage paired-end 150nt sont disponibles dans l’équipe : contrôle no tag, souche sauvage et souche mutante connue pour une moindre association de condensine de la chromatine. Ces données seront utilisées pour tester le pipeline.
Date
La date du début du projet : 1er fevrier 2021
La date d’obtention des données : obtenues/disponibles
La date d’obtention de l’intégralité des données : obtenues/disponibles
La date souhaitée de fin du projet fin avril 2021
Attentes
Décrivez les missions que devront pour vous remplir le ou les bioinformatitiens dans ce projet.
Corriger les lacunes et les bugs de la version actuelle du pipeline développée par Arnaud Duvermy durant son stage.
Implémenter le pipeline afin qu’il donne aux utilisateurs les nombre de reads obtenus avec chacun des génomes (test et calibrateur).
Participer à l’analyse de données de ChIP-seq condensine visant à valider le pipeline en interaction avec les membres de l’équipe Bernard.
Rendre le pipeline accessible au LBMC
Améliorer la normalisation par une approche statistique plus évoluée.