2018 ChIPSeq pour C.elegans (Paused)

Aider à l’écriture d’un pipeline complet d’analyse de données ChIPSeq pour C.elegans

Porteur du projet

Cécile Bedet

Personnes

Laurent Modolo et Cécile Bedet

Problématique biologique

Notre équipe s’intéresse à la régulation épigénétique au cours du développement. Nous étudions plus particulièrement le rôle de la méthylation de la lysine 4 de l’histone H3 (H3K4) dans le maintien de m’identité des cellules germinales. Pour examiner cette question, nous utilisons l’organisme modèle C.elegans et une combinaison d’outils génétiques, biochimiques; depuis peu nous développons des approches “genome-wide”.

Questions

Le projet vise à développer un pipeline pour l’analyse de données ChIP-Seq afin d’identifier la distribution génomique de la triméthylation de H3K4 (H3K4me3) dans la lignée germinale.

Dans un premier temps, nous utiliserons des données publiées déjà disponibles sur la distribution de H3K4me3 dans les embryons afin de mettre au point le pipeline d’analyse.

Données

Dans un premier temps nous utiliserons les données de ChIP-Seq publiées sur GEO provenant de l’article Chen et al, Genome Research 2014 (GSE498704):

SRR952381 : H3K4me3_RC03

SRR952382 : H3K4me3_RC04

Ensuite je ferai des expériences de ChIP-Seq sur des noyaux de lignées germinales purifiés par FACS, avec un anti-H3K4me3, en duplicat.

Date

La date du début du projet : 8 octobre 2018
La date d’obtention des données: 8 octobre 2018 pour la mise au point du pipeline
La date d’obtention de l’intégralité des données : début 2019 si tout va bien

Attentes