2020 Index TDD (FINISHED)

 RESULTS

Different RF analysis of the factors associated with TDD

https://gitbio.ens-lyon.fr/LBMC/RMI2/tdd_project​

Porteur du projet

Emiliano Ricci

Personnes

Emmanuel Labaronne, David Cluet, Emiliano Ricci.

Problématique biologique

Nous nous intéressons à l’impact que peut avoir la traduction sur la dégradation des ARN messagers au cours de l’activation de cellules du système immunitaire et son rôle fonctionnel dans la régulation du niveau d’expression des gènes.

Questions

Nos données préliminaires suggèrent un rôle de la densité des ribosomes au niveau de la région codante ainsi que de la longueur des régions 3’ et 5’ non traduites comme des facteurs responsables d’induire et/ou de moduler l’envergure de la dégradation traduction dépendante pour un ARNm donné.

La question principale à laquelle nous souhaiterions répondre actuellement est de savoir si d’autres facteurs (usage des codons, nature des acides aminés incorporés lors de l’élongation, structure secondaire de l’ARNm…) peuvent aussi expliquer le taux de dégradation traduction-dépendant observé. Nous souhaiterions aussi modéliser l’influence individuelle de chaque facteur identifié sur l’amplitude de la dégradation traduction-dépendante observée.

Données

Les données disponibles correspondent à un fichier au format « .csv » contenant les valeurs du taux de dégradation traduction dépendant (et indépendant) de chaque transcrit exprimé dans les cellules d’intérêt, accompagné d’une multitude de données quantitatives ou qualitatives sur le transcrit (densité de ribosomes, longueur du transcrit, % en GC, fréquence de chaque codon, etc).

Date

La date du début du projet : Dès que possible.
La date d’obtention des données : Les données sont d’ores et déjà disponibles.
La date d’obtention de l’intégralité des données :
La date souhaitée de fin du projet : Le 13/03/2020

Attentes

Pour l’identification de facteurs explicatifs supplémentaires du taux de dégradation traduction-dépendant : Mise en place d’une approche statistique permettant d’identifier des codons (ou d’autres caractéristiques des transcrits) impliqués dans le mécanisme de dégradation traduction-dépendant.

Pour les questions de modélisation : Accompagnement de David Cluet dans le choix des équations et de modèles de fitting pour expliquer les parts de dégradation traduction-dépendante et indépendante au niveau de la dégradation totale observée pour chaque transcrit.