2020 Pipelines 4C (Running)

Porteur du projet

Franck Mortreux

Personnes

Franck Mortreux, Paul Marie

Problématique biologique

Identifier le regroupement physique de gènes en réponse à l’activation de la voir NF-B dans des contextes physiologiques et pathogènes.

Questions

Identifier par 4C quels sont les gènes regroupés aux gènes répondeurs à NF-B sous une activation par le TNF-α ou l’oncogène TAX du virus HTLV-1

Données

Nous avons les données de 4C pour 40 viewpoints dans 4 conditions expérimentales distinctes (CTL, TAX, TNF-α, et TAXM22 (mutant déficient dans l’activation de NF-𝛋B).

Date

La date du début du projet : 01/01/2020
La date d’obtention des données : 15/06/2020
La date d’obtention de l’intégralité des données.
La date souhaitée de fin du projet : 1/09/2020

Attentes

Nous avons identifié 3 pipelines d’analyses r3Cseq (near-cis contacts), Basic4Cseq (near-cis, far and trans-contacts) et 4C-pipe (near-cis). Chaque pipeline est opérationnel au labo. Nous voudrions automatiser leur utilisation (qsub, nexflow) pour la comparaison des 4 conditions entre elles pour les 40 viewpoints. Laurent serait impliqué dans l’accompagnement de Franck et Paul pour la translation de ces 3 pipelines en nextflow.