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Offre de CDD pour Ingénieur en bioinformatique

Contexte:


Un poste d'ingénieur en bioinformatique est ouvert dans les équipes "Hepatitis viruses and pathobiology of chronic
liver disease" (Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon) et "ReGArDS, Regulation of Genome achitecture and
dynamics of splicing", (Ecole Normale Supérieure de Lyon). Le poste sera localisé au Laboratoire de Biologie et
Modélisation de la Cellule(ENS de Lyon) dans l'équipe ReGArDS, qui est constituée de biologistes expérimentaux et de
bioinformaticiens. L'intérêt de l'équipe se porte sur la régulation de l'expression des gènes avec un focus sur l'épissage
alternatif des ARN, et sur le développement d'outils méthododologiques autour de ces questions.

Missions:


Le projet principal s'inscrit dans le cadre d'une collaboration entre les groupes de Cyril Bourgeois (LBMC) et Barbara
Testoni et Fabien Zoulim (CRCL) portant sur l'infection par le virus de l'hépatite B. La mission principale sera d'analyser
et d'intégrer des données transcriptomiques de diverses origines (expériences générées au laboratoire, données de
patients…) et de différentes plates-formes NGS (Illumina, Nanopore). Les analyses s'étendront également à l'analyse
d'autres types de données métagénomiques publiques ou générées par les 2 équipes (ChIP-seq, 4C, Hi-C…). Les outils
nécessaires à ces analyses sont déjà disponibles ou seront développés en fonction des besoins.

Activités associées :


- Communication scientifique interne et externe.
- Participation aux réunions des deux équipes.
- Intégration à la communauté bioinformatique du laboratoire.

Profil:


Ingénieur d’étude en bioinformatique (Bac+5). Une expérience d’au moins 2 ans serait idéale mais toutes les
candidatures seront évaluées.

Connaissances:


- Environnement de travail Linux / bash
- Langage de programmation : Python, Perl ou R
- Bonne maîtrise des outils de traitement de données NGS (RNAseq, ChIPseq, ...)
- Analyses statistiques générales (descriptives, tests d’hypothèse…)
- Connaissances en gestion et création de bases de données.
- Connaissances du gestionnaire de version Git.

Savoir-faire:


- Capacités organisationnelles, écriture de rapports et présentation synthétique des résultats scientifiques.
- Bonne communication au sein d’une équipe pluridisciplinaire (biologie expérimentale & computationnelle).
- Rigueur dans la reproductibilité des résultats et la pérennisation des outils mis en place.

Durée du contrat: 

1 an renouvelable.

Contact:


Les candidatures (CV, lettre de motivation et au moins deux référents), sont à envoyer à :
Cyril BOURGEOIS (LBMC, ENS de Lyon)
cyril.bourgeois@inserm.fr
et Barbara TESTONI (CRCL)
barbara.testoni@inserm.fr