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Sonder par la modélisation l’endommagement et la réparation de l’ADN

Séminaire du Département de Chimie

 

Mercredi 21 Novembre 2018 - 15h45h00 - Amphi Schrödinger.

Élise Dumont (ENS de Lyon)


 


Photo d'amphitheatre


La chimie moderne [1] se situe le plus souvent au carrefour de nombreuses disciplines dont (bien sur) la biologie et la physique, mais aussi les mathématiques, la géologie et l'informatique. Le chimiste est alors confronté à des systèmes étendus et complexes pour lesquels la modélisation peut apporter un éclairage complémentaire voire s’avérer prédictif [2]. Dans cet exposé, je donnerai des exemples récents d'utilisation de méthodes de chimie quantique et de dynamique moléculaire, parfois couplées, pour comprendre des phénomènes de reconnaissance supramoléculaires ou biologiques comme la réparation de l’ADN [3]. Notamment, je montrerai comment par la modélisation il est possible reconstruire des fragments d’ADN lésé pour des lésions extremement rares (0,05 lésions par 10^9 paires de bases par Gray) mais également très mutagènes pour mieux comprendre les interactions qui bloquent leur réparation au niveau cellulaire.

[1] It Is Chemistry but Not Your Grandfather’s Chemistry A. Sancar, D. Zhong, Biochemistry, 2017, 56:1-2
[2] Discovery through the computational microscope E. H. Lee, M. Sotomayor, G. Cormellas, K. Schulten, Structure, 2009, 17:2915-1306
[3] Correlation of bistranded clustered abasic DNA lesion processing with structural and dynamic DNA helix distortion, E. Bignon, H. Gattuso, C. Morell, F. Dehez, A. G. Georgakilas, A. Monari, E. Dumont, Nucl. Acids Res. 2016, 44: 8588