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Période 3b - PHE
Période 3b - PHE

Période 3b - PHE (2)

Lunedì 28 Marzo 2011 15:28

Fisica del vivente: dalla molecola al tessuto

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Biophysics

Informations pratiques


Discipline :

Physique

Niveau :

Master 2

Semestre :

S3b

Crédits ECTS :

6

Volume Horaire :

24h Cours

12h TDs

Responsable :

Cendrine Moskalenko

École Normale Supérieure de Lyon, Laboratoire de Physique

Intervenants :

Cendrine Moskalenko
Hélène Delanoé-Ayari

Daniel Jost

Objectif

 

Une cellule fonctionne avec de faibles nombres de molécules et des énergies comparables aux énergies thermiques ; comment peut-elle avoir un comportement déterministe dans ces conditions ? Comment la dynamique des tissus émerge du comportement des cellules individuelles ? Les outils physiques basés sur des concepts de matière molle, de physique statistique, de rhéologie et de mécanique des milieux continus, permettront d’analyser comment s’auto-organisent les structures du vivant des échelles subcellulaires (nanométriques) aux échelles des tissus (millimétriques). Nous verrons en retour comment les objets biologiques génèrent de nouvelles problématiques de Physique et conduisent au développement de méthodes expérimentales et théoriques pour les traiter.

 

Plan du cours

 

1. Machines Moléculaires
Les moteurs moléculaires : extraire un mouvement dirigé à partir du bruit thermique.
Les pores biologiques : canaux ioniques et modèle d'Hodgkin–Huxley, translocon et ratchet brownien de translocation, pore nucléaire : sélectivité et directionnalité, porines et séquençage de l'ADN.

 

2. Régulation de l’expression génique : du gène au réseau
Régulation d’un gène : aspects déterministes et stochastiques au niveau ARN et protéique, comparaison avec l’expérience, bruit intrinsèque/extrinsèque.
Réseau de régulation : interaction entre gènes, propagation du bruit, boucle de rétroaction, dynamique des réseaux, analyse de motifs.

 

3. Dynamique à l’échelle de la cellule
Auto-organisation et polarité cellulaire.
Adhésion et migration d’une cellule.
Motilité, réponse à des gradients externes, mécanismes et limites physiques.

 

4. Propriétés mécaniques : de la cellule au tissu
Outils pour sonder la mécanique d’une cellule.
Contraintes mécaniques.
Rhéologie d’un tissu.
Morphogénèse.

Langue d'enseignement

Cours en français uniquement (questions en anglais bienvenues).

Modalité de l'examen

 

Analyse d'articles avec une partie écrite (rapport) et une présentation orale

Lunedì 28 Marzo 2011 15:14

Idrodinamica fisica e turbolenza

Written by Administrator

Advanced fluid mechanics and turbulence

Informations pratiques


Discipline :

Physique

Niveau :

Master 2

Semestre :

S3b

Crédits ECTS :

6

Volume Horaire :

24h Cours
12h TD

Responsable :

Michael Bourgoin 

École Normale Supérieure de Lyon, Laboratoire de Physique

Intervenants :

 

Michael Bourgoin

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Objectif

Le cours traite des phénomènes non-linéaires et hors équilibre qui dominent les écoulements des fluides lorsque le nombre de Reynolds devient grand devant l'unité : c'est la turbulence des fluides pleinement développée.
Le cours est proposé en étroite collaboration par deux physiciens de la turbulence. Il abordera différents types d'écoulements, depuis la situation idéalisée de turbulence homogène et isotrope à laquelle les théories de Kolmogorov apportent un socle théorique solide, jusqu'aux écoulements de laboratoire et naturels permettant d'appréhender, par exemple, des situations géophysiques de manière réaliste. Pour cela, il introduira les techniques expérimentales, numériques et théoriques qui ont été développées afin d'étudier ces fluides turbulents, et ouvrira sur quelques approches modernes issues de ce domaine actif de la recherche.

Plan du cours

1. Introduction à la mécanique des fluides en général et à la turbulence en particulier
Phénoménologie et rappel de l'équation de transport d'impulsion (équations de Navier-Stokes). Présentation de quelques écoulements turbulents traditionnels (Canal, Convection de Rayleigh-Bénard, la turbulence homogène et isotrope). Introduction des échelles caractéristiques de la turbulence.

2. Approches empiriques en turbulence
Méthodes expérimentales (fil chaud et imagerie de particules) et numériques (la simulation numérique directe des équations de Navier-Stokes).

3. Une description probabiliste de la turbulence
Quelques notions sur les champs aléatoires: symétries, spectres de puissance, fonctions de corrélation. Définition de la turbulence homogène et isotrope.

4. Transport turbulent de quantité de mouvement et de chaleur
Décomposition et tenseur de Reynolds. Viscosité turbulente et modèle de longueur de mélange. Application au cas du canal. Dynamique de la température et nombre de Richardson.

5. Bilan d'énergie
Exemples de la convection de Rayleigh-Bénard et des écoulement cisaillés avec parois. Définition de la couche limite (laminaire et turbulente).

6. Turbulence homogène et isotrope
Théories de Kolmogorov. Lois de répartition spectrale de l'énergie, la cascade d'énergie vers les petites échelles. Phénomènes de transport d'énergie à travers les échelles : Relation de Kármán–Howarth et approches analytiques. Étude et modélisation du phénomène d'intermittence. Le mécanisme d'étirement de la vorticité. Invariance d'échelle – Fractalité et Multifractalité. Ouverture sur une approche stochastique de la turbulence.

Pré-requis

Connaissances de base en mécanique des fluides.

Langue d'enseignement

Cours en français uniquement (questions en anglais bienvenues).

Bibliographie

A first cours in turbulence, Tennekes and Lumley, MIT Press.
Turbulent Flows, S. Pope, CUP.
Turbulence, U. Frisch, CUP.

Modalité de l'examen

Écrit