#!/bin/bash
### variables SGE
HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR
### shell du job:
#$ -S /bin/bash
### nom du job:
#$ -N trinity
### file d'attente:
#$ -q E5-2670deb128bio
### parallel environnement & nslots
#$ -pe openmp16 16
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution
#$ -V

### Modulefiles
source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
module load Trinity/2.5.1
#

### sinon SGE travaille dans ~/
cd ${HOMEDIR}

### def scratchdir for trinity workdir and output
SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch}
mkdir -p $SCRATCHDIR


# *exemple* ! ajustez en fonction des besoins

Trinity --JM 60G --CPU 14 --seqType fq --left genome_f.fastq --right genome_r.fastq --output ${SCRATCHDIR} --path_reinforcement_distance 50

#