#!/bin/bash
#
### variables SGE
#
### shell du job
#$ -S /bin/bash
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecSEQ
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5_test
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
### configurer l'environnement (a changer)

module load GCC/7.2.0 

### definition SCRATCHDIR en fonction de la partition existent

if [[ -d "/scratch/Lake" ]]
then
    SCRATCHDIR="/scratch/Lake/${USER}/${JOB_ID}/"
elif [[ -d "/scratch/E5N" ]]
then
    SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/" 
else
    echo "Cannot create ${SCRATCHDIR} on /scratch, creating it in the current directory"
    SCRATCHDIR="${SGE_O_WORKDIR}/scratch/"
fi

###SCRATCHDIR=/scratch/E5N/votre_login/Formations/Sequentiel

### verif SCRATCHDIR
echo "SCRATCHDIR=${SCRATCHDIR}"

### creation du repertoire de travail dans le /scratch
if [[ ! -d "${SCRATCHDIR}" ]] 
then
   /bin/mkdir -p ${SCRATCHDIR}
fi 

### copie des fichiers sources dans le /scratch
/bin/cp ${SGE_O_WORKDIR}/* ${SCRATCHDIR}/
 
### se placer dans le repertoire d'execution AVANT le lancement du programme
cd ${SCRATCHDIR}
 
### execution du programme
EXECDIR=${SCRATCHDIR}
${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe > output_scratch
####./SommeVecVecSEQ.exe
 
# copy results from scratch to home
/bin/cp -r $SCRATCHDIR/output_scratch $SGE_O_WORKDIR/output_home
 
# rm -fr ${SCRATCHDIR}/*
 
# fin