**[[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/|New Documentation (Debian 11 / Slurm)]]** See also our [[news:blog|Fil des news]] for up-to-date informations ====== Les Logiciels scientifiques ====== Pour des petits tests, vous pouvez utiliser les logiciels ci-dessous en interactif, sur [[documentation:clusters:services&#serveurs_de_compilation_frontales|les frontales]]. Sinon, utilisez le système de batch. __**N'oubliez pas de configurer votre environnement :**__ * En utilisant les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]], * En "sourçant" les modèles, soit dans votre ''~/.cshrc'', ''~/.bashrc'', soit dans vos scripts. Les librairies sont décrites sur [[documentation:tools:library:accueil|cette page]]. Quelques trucs et astuces pour [[documentation:tools:langages:accueil|les langages interprétés]]. **Un grand nombre des logiciels déjà installés ne sont pas listés ici.** \\ Cherchez d'abord dans ''/usr/bin/'' (standard),\\ et ''/applis/PSMN/generic/'' ou ''/applis/PSMN/debian9/software'' (**new 2018**) ===== Les Langages / Logiciels Généralistes ===== * [[documentation:tools:software:freefem|FreeFem]] * [[documentation:tools:langages:julia|Julia]] * Maple * [[documentation:tools:software:matlab|Matlab]] * [[documentation:tools:langages:ocaml|OCaml]] * [[documentation:tools:langages:perl5|Perl]] * [[documentation:tools:langages:python:accueil|Python]] * [[documentation:tools:software:r|R]] * [[documentation:tools:langages:ruby|Ruby]] * [[documentation:tools:software:sagemath|SageMath]] * [[documentation:tools:software:scilab|Scilab]] * [[documentation:tools:langages:sql|SQL]] ===== Imagerie et Visualisation ===== * [[documentation:tools:software:avogadro|Avogadro]] * [[documentation:tools:software:blender|Blender]] * [[documentation:tools:software:cassandra|Cassandra]] * [[documentation:tools:software:jmol|Jmol]] * [[documentation:tools:software:maps|MAPS]] * [[documentation:tools:software:molden|molden]] * [[documentation:tools:software:paraview|ParaView]] * [[documentation:tools:software:povray|Povray]] * [[documentation:tools:software:p4vasp|p4VASP]] * [[documentation:tools:software:saga|SAGA]] * [[documentation:tools:software:vapor|Vapor]] * [[documentation:tools:software:vesta|VESTA]] * [[documentation:tools:software:vmd|VMD]] \\ Un serveur dédié à la visualisation (OpenGL/Mesa/CUDA) est disponible au PSMN : **[[documentation:tutorials:visualisation|r740visu]]** ===== Les Logiciels Spécialisés ====== (classés par //science d'origine//... ou pas.) ==== Chimie / Physique / Géologie / Astrophysique ==== * [[documentation:tools:software:adf|ADF]] * [[documentation:tools:software:abinit|Abinit]] * [[documentation:tools:software:amber|Amber]] * [[documentation:tools:software:castep|Castep]] * [[documentation:tools:software:cobram|Cobram]] * [[documentation:tools:software:cmr|CMR]] * [[documentation:tools:software:cp2k|CP2K]] * [[documentation:tools:software:dalton|Dalton]] * [[documentation:tools:software:gaussian|GAUSSIAN]] * [[documentation:tools:software:gromacs|Gromacs]] * [[documentation:tools:software:genesis|Genesis]] * [[documentation:tools:software:lammps|Lammps]] * [[documentation:tools:software:molpro|Molpro]] * [[documentation:tools:software:namd|NAMD]] * [[documentation:tools:software:qbox|Qbox]] * [[documentation:tools:software:quip|Quip]] * [[documentation:tools:software:vasp|VASP]] ==== Bio-Informatique ==== Une liste de discussion dédiée aux usages bio-info sur la plate-forme du PSMN est disponible : [[https://listes.ens-lyon.fr/sympa/review/bioinfo.psmn|bioinfo.psmn @ listes.ens-lyon.fr]]. Voir [[[[documentation:tools:software:bioinfo|un tri par mots clés]] des logiciels bioinformatiques. * aTRAM * apytram * [[documentation:tools:software:augustus|Augustus]] * [[documentation:tools:software:bamtools|BamTools]] * [[documentation:tools:software:bcftools|BCFtools]] * [[documentation:tools:software:bedtools|BEDTools]] * BioPerl (voir [[documentation:tools:langages:perl5]]) * [[documentation:tools:library:bpp|Bio++]] * [[documentation:tools:software:biopython|Biopython]] * [[documentation:tools:software:bismark|Bismark]] * [[documentation:tools:software:blat|BLAT]] * [[documentation:tools:software:blast|NCBI BLAST2 / BLAST+]] * [[documentation:tools:software:bowtie|Bowtie]] * [[documentation:tools:software:braker|BRAKER]] * [[documentation:tools:software:breakdancer|BreakDancer]] * [[documentation:tools:software:breseq|breseq]] * Bridger * [[documentation:tools:software:bwakit|BWA]] (Bwakit) * caars * [[documentation:tools:software:cafs|CAFS]] * 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