**[[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/|New Documentation (Debian 11 / Slurm)]]**
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====== Les Logiciels scientifiques ======
Pour des petits tests, vous pouvez utiliser les logiciels ci-dessous en interactif, sur [[documentation:clusters:servicesserveurs_de_compilation_frontales|les frontales]]. Sinon, utilisez le système de batch.
__**N'oubliez pas de configurer votre environnement :**__
* En utilisant les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]],
* En "sourçant" les modèles, soit dans votre ''~/.cshrc'', ''~/.bashrc'', soit dans vos scripts.
Les librairies sont décrites sur [[documentation:tools:library:accueil|cette page]].
Quelques trucs et astuces pour [[documentation:tools:langages:accueil|les langages interprétés]].
**Un grand nombre des logiciels déjà installés ne sont pas listés ici.** \\
Cherchez d'abord dans ''/usr/bin/'' (standard),\\
et ''/applis/PSMN/generic/'' ou ''/applis/PSMN/debian9/software'' (**new 2018**)
===== Les Langages / Logiciels Généralistes =====
* [[documentation:tools:software:freefem|FreeFem]]
* [[documentation:tools:langages:julia|Julia]]
* Maple
* [[documentation:tools:software:matlab|Matlab]]
* [[documentation:tools:langages:ocaml|OCaml]]
* [[documentation:tools:langages:perl5|Perl]]
* [[documentation:tools:langages:python:accueil|Python]]
* [[documentation:tools:software:r|R]]
* [[documentation:tools:langages:ruby|Ruby]]
* [[documentation:tools:software:sagemath|SageMath]]
* [[documentation:tools:software:scilab|Scilab]]
* [[documentation:tools:langages:sql|SQL]]
===== Imagerie et Visualisation =====
* [[documentation:tools:software:avogadro|Avogadro]]
* [[documentation:tools:software:blender|Blender]]
* [[documentation:tools:software:cassandra|Cassandra]]
* [[documentation:tools:software:jmol|Jmol]]
* [[documentation:tools:software:maps|MAPS]]
* [[documentation:tools:software:molden|molden]]
* [[documentation:tools:software:paraview|ParaView]]
* [[documentation:tools:software:povray|Povray]]
* [[documentation:tools:software:p4vasp|p4VASP]]
* [[documentation:tools:software:saga|SAGA]]
* [[documentation:tools:software:vapor|Vapor]]
* [[documentation:tools:software:vesta|VESTA]]
* [[documentation:tools:software:vmd|VMD]]
\\
Un serveur dédié à la visualisation (OpenGL/Mesa/CUDA) est disponible au PSMN : **[[documentation:tutorials:visualisation|r740visu]]**
===== Les Logiciels Spécialisés ======
(classés par //science d'origine//... ou pas.)
==== Chimie / Physique / Géologie / Astrophysique ====
* [[documentation:tools:software:adf|ADF]]
* [[documentation:tools:software:abinit|Abinit]]
* [[documentation:tools:software:amber|Amber]]
* [[documentation:tools:software:castep|Castep]]
* [[documentation:tools:software:cobram|Cobram]]
* [[documentation:tools:software:cmr|CMR]]
* [[documentation:tools:software:cp2k|CP2K]]
* [[documentation:tools:software:dalton|Dalton]]
* [[documentation:tools:software:gaussian|GAUSSIAN]]
* [[documentation:tools:software:gromacs|Gromacs]]
* [[documentation:tools:software:genesis|Genesis]]
* [[documentation:tools:software:lammps|Lammps]]
* [[documentation:tools:software:molpro|Molpro]]
* [[documentation:tools:software:namd|NAMD]]
* [[documentation:tools:software:qbox|Qbox]]
* [[documentation:tools:software:quip|Quip]]
* [[documentation:tools:software:vasp|VASP]]
==== Bio-Informatique ====
Une liste de discussion dédiée aux usages bio-info sur la plate-forme du PSMN est disponible : [[https://listes.ens-lyon.fr/sympa/review/bioinfo.psmn|bioinfo.psmn @ listes.ens-lyon.fr]].
Voir [[[[documentation:tools:software:bioinfo|un tri par mots clés]] des logiciels bioinformatiques.
* aTRAM
* apytram
* [[documentation:tools:software:augustus|Augustus]]
* [[documentation:tools:software:bamtools|BamTools]]
* [[documentation:tools:software:bcftools|BCFtools]]
* [[documentation:tools:software:bedtools|BEDTools]]
* BioPerl (voir [[documentation:tools:langages:perl5]])
* [[documentation:tools:library:bpp|Bio++]]
* [[documentation:tools:software:biopython|Biopython]]
* [[documentation:tools:software:bismark|Bismark]]
* [[documentation:tools:software:blat|BLAT]]
* [[documentation:tools:software:blast|NCBI BLAST2 / BLAST+]]
* [[documentation:tools:software:bowtie|Bowtie]]
* [[documentation:tools:software:braker|BRAKER]]
* [[documentation:tools:software:breakdancer|BreakDancer]]
* [[documentation:tools:software:breseq|breseq]]
* Bridger
* [[documentation:tools:software:bwakit|BWA]] (Bwakit)
* caars
* [[documentation:tools:software:cafs|CAFS]]
* [[documentation:tools:software:canu|Canu]]
* [[documentation:tools:software:celera-wgs|Celera-WGS]]
* [[documentation:tools:software:clustalomega|ClustalOmega]]
* [[documentation:tools:software:clonalframeml|ClonalFrameML]]
* [[documentation:tools:software:corset|Corset]]
* [[documentation:tools:software:cufflinks|Cufflinks]]
* [[documentation:tools:software:diamond|Diamond]]
* [[documentation:tools:software:discosnp|DiscoSNP]]
* [[documentation:tools:software:dmap|DMAP]]
* [[documentation:tools:software:drompa|DROMPA]]
* [[documentation:tools:software:emboss|EMBOSS Suite]]
* [[documentation:tools:software:exonerate|Exonerate]]
* [[documentation:tools:software:express|eXpress]]
* [[documentation:tools:software:fasttree|FastTree]]
* [[documentation:tools:software:fastqc|FastQC]]
* [[documentation:tools:software:fastq-tools|fastq-tools]]
* [[documentation:tools:software:fastx-toolkit|FASTX-Toolkit]]
* [[documentation:tools:software:freebayes|freebayes]]
* [[documentation:tools:software:gatk|GATK]]
* [[documentation:tools:software:gblocks|Gblocks]]
* [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark ES/ET]]
* [[documentation:tools:software:gfold|GFOLD]]
* [[documentation:tools:software:gmap-gsnap|GMAP/GSNAP]]
* [[documentation:tools:software:gubbins|Gubbins]]
* Guidance, Guidance2
* [[documentation:tools:software:hisat|HISAT]]
* [[documentation:tools:software:hmmer|HMMER /HMMER2]]
* HOMER
* [[documentation:tools:software:htseq|HTSeq]]
* [[documentation:tools:software:htslib|HTSlib]]
* [[documentation:tools:software:hyphy|HyPhy]]
* [[documentation:tools:software:jellyfish|Jellyfish]]
* [[documentation:tools:software:kallisto|kallisto]]
* [[documentation:tools:software:kissplice|KisSplice]]
* [[documentation:tools:software:macs|MACS/MACS2]]
* [[documentation:tools:software:mafft|MAFFT]]
* MaLTA
* [[documentation:tools:software:meme|MEME Suite]]
* [[documentation:tools:software:mira|MIRA]]
* [[documentation:tools:software:mrbayes|MRbayes]]
* [[documentation:tools:software:music|MUSIC]]
* [[documentation:tools:software:novocraft|NovoCraft ?]]
* NucleoMiner
* Oases
* [[documentation:tools:software:paml|PAML]]
* [[documentation:tools:software:pbsuite|PBSuite]]
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* [[documentation:tools:software:phyml|PhyML]]
* [[documentation:tools:software:picard|Picard]]
* [[documentation:tools:software:portcullis|Portcullis]]
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