====== LAMMPS ====== ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ | 11Nov13 | openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps-11Nov13/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps | Debian 7 | | | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.csh |||| | | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.sh |||| | | **modulefile** : Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 |||| | 28Jun14 | openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps | Debian 7 | | | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.csh |||| | | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.sh |||| | | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 |||| | 28Jun14 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 | | | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| | 15May15 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/15May15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 | | | **modulefile** : Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| | 7Dec15 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 | | | **modulefile** : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| | 11Aug17 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/11Aug17/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | Debian 7 | | | **modulefile** : LAMMPS/11Aug17-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | 22Aug2018 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/22Aug2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | Debian 9 | | | **modulefile** : LAMMPS/22Aug2018-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | 15Nov2018 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | Debian 9 | | | **modulefile** : LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | 19Sep2019 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/19Sep19/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/ | Debian 9 | | | **modulefile** : LAMMPS/19Sep2019-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | 3Mar20 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/3Mar20/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/ | Debian 9 | | | **modulefile** : LAMMPS/3Mar20-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | 3Mar20 avec GAP et QUIP | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/3Mar20-quip-gap/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/ | Debian 9 | | | **modulefile** : LAMMPS/3Mar20-quip-gap-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] * Chemin d'installation (pour la doc, exemples, etc.) : /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4 * Test de fonctionnement (version 28Jun14) $ cp -r /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bench/ /home/nom_login/bench_lammps $ cd /home/nom_login/bench_lammps $ source /usr/share/modules/init/tcsh # éventuellement (si pas déjà fait) ; pour un autre shell (bash) utiliser le fichier correspondant $ module use /applis/PSMN/Modules # éventuellement (si pas déjà fait) $ module load Base/psmn # éventuellement (si pas déjà fait) $ module load Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps). Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile ''Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1'' pour configurer l'environnement d'éxecution. ===== Doc admin-sys PSMN ===== ==== LAMMPS_28Jun14 ==== * Construction avec Intel 14.0.1 et OpenMPI 1.6.4 cd lammps-28Jun14 cp MAKE/Makefile.linux MAKE/Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 CC = mpic++ CCFLAGS = -O2 LINK = mpic++ MPI_INC, MPI_PATH, MPI_LIB = FFT_INC, FFT_PATH, FFT_LIB = $ make yes-class2 $ make yes-molecule $ make yes-rigid $ make yes-user-cg-cmm $ make yes-user-omp make openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 ===== Exemples d'utilisation au PSMN ===== L' exemple décri le mode d'utilisation de LAMMPS en mode parallèle MPI. - créer un répertoire de test et travailler dedans : mkdir $HOME/Test_LAMMPS cd $HOME/Test_LAMMPS - copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test : cp /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4-3.0.0/bench/in.lj . - exécuter LAMMPS avec un script de soumission SGE et de soumettre ce script : ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ vi script_LAMMPS #!/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -N Test_Lammps #$ -q E5_test #$ -pe test_debian 4 #$ -cwd #$ -V HOSTFILE=${TMPDIR}/machines cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement module purge module load LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0" MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun" $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps < in.lj > lammps_in.log # fin ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qsub script_LAMMPS Your job 2534457 ("Test_Lammps") has been submitted ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2534457 0.00000 Test_Lammp ccalugar qw 03/27/2019 17:07:45 4 ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2534457 0.07384 Test_Lammp ccalugar r 03/27/2019 17:07:55 E5_test@c8220node123 4 ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ ls -ltr total 11 -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 494 Mar 27 17:01 script_LAMMPS -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 470 Mar 27 17:08 in.lj -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.pe2534457 -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.o2534457 -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.e2534457 -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2602 Mar 27 17:08 log.lammps -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2046 Mar 27 17:08 lammps_in.log -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 51 Mar 27 17:08 Test_Lammps.po2534457