====== R Statistical Computing ======

R is a free software environment for statistical computing and graphics.
===== R 4.1 =====
^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  4.1.2  |  foss/2021b  |  **depending on partition**  |  **Debian 11**  |
| | **modulefile** : ''R/4.1.2-foss-2021b''  |||
|  4.1.1  |  GCC/8.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/4.1.1/bin''  |  **Debian 9**  |
| | **modulefile** : ''R/4.1.1''  |||

<code>
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
</code>

Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

=== libraries ===

Pour cette version de R, il est maintenant conseillé d'installer les packages supplémentaires dans votre home. Voir la documentation à [[documentation:tools:software:r#installation_de_libraries_dans_votre_home|la fin de cette page]].


===== R 4.0 =====
^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  4.0.4  |  gcc 10.2.1-6  |  ''/usr/bin''  |  **Debian 11**  |
| | **modulefile** : ''none''  |||
|  4.0.3  |  GCC/8.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/4.0.3/bin''  |  **Debian 9**  |
| | **modulefile** : ''R/4.0.3''  |||


<code>
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
</code>

Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

=== libraries ===

Use ''library()'' and ''installed.packages()'' to list all installed packages (on users's requests).

<note important>**DESeq** et **DESeq2** ne sont pas installable sur notre version 4.0.3. Si vous avez besoin de l'un ou l'autre, utilisez la version R/3.6.1</note>

Pour cette version de R, il est maintenant conseillé d'installer les packages supplémentaires dans votre home. Voir la documentation à [[documentation:tools:software:r#installation_de_libraries_dans_votre_home|la fin de cette page]].

===== R 3.6 =====
^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  3.6.1  |  GCC/7.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/3.6.1/bin''  |  **Debian 9**  |
| | **modulefile** : ''R/3.6.1''  |||

<code>
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
</code>

Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

=== libraries ===
<WRAP col3>

  * igraph
  * ade4
  * ggplot2
  * seqinr
  * multitaper
  * doMC
  * iterators
  * foreach
  * XNomial
  * data.table
  * devtools
  * ape
  * phangorn

  * __Bioconductor(3.9)__
    * DESeq
    * xtable
    * BiocGenerics
    * bsseq
    * glmnet
    * DSS 
    * Biobase
    * DESeq2
    * EBSeq
    * goseq
    * memoise
    * BiSeq
    * DEXSeq
    * GenomicRange 
    * GenomicAlignments
    * Repitools
    * Rsubread
    * ggbio
    * AnnotationDbi
    * scone
    * rtracklayer

  * __Git__
    * methylKit
    * goldmine
    * <del>methylaction</del>
    * tailfindr
    * Pasha
</WRAP>


===== R 3.4 =====
^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  3.4.3  |  GCC/7.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/3.4.3/bin''  |  **Debian 9**  |
| | **modulefile** : ''R/3.4.3''  |||

<code>
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
</code>

Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

=== libraries ===
<WRAP col3>

  * igraph
  * ade4
  * ggplot2
  * seqinr
  * multitaper
  * doMC
  * iterators
  * foreach
  * XNomial
  * data.table
  * devtools
  * phangorn
  * ape

  * __Git__
    * methylKit
    * goldmine
    * methylaction
 
  * __Bioconductor(3.6)__
    * DESeq
    * xtable
    * BiocGenerics
    * bsseq
    * glmnet
    * DSS 
    * Biobase
    * DESeq2
    * EBSeq
    * goseq
    * memoise
    * BiSeq
    * DEXSeq
    * GenomicRange 
    * GenomicAlignments
    * Repitools
    * Rsubread
    * ggbio
    * aod

</WRAP>
===== R 3.2 =====

^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  3.2.4  |  GCC/7.2.0   |  ''${SITE}/Core/R/3.2.4/bin'' | **Debian 9**  |
| | **modulefile** : ''R/3.2.4''  |||


<code>
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
</code>

Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

=== libraries ===
Les packages suivants (ainsi que leurs dépendances) sont installés : 
<WRAP col3>

  * igraph
  * ade4
  * ggplot2
  * seqinr
  * multitaper
  * doMC
  * iterators
  * foreach
  * XNomial
  * data.table
  * devtools
  * phangorn
  * ape

  * __Git__
    * goldmine
    * methylaction
 
  * __Bioconductor(3.2)__
    * DESeq (1.22.1)
    * xtable (1.8-2)
    * BiocGenerics (0.16.1)
    * bsseq (1.6.0)
    * glmnet (2.0-13)
    * DSS (2.10.0)
    * Biobase (2.30.0)
    * DESeq2 (1.10.1)
    * EBSeq (1.10.0)
    * memoise (1.1.0)
    * DEXSeq (1.16.10)
    * GenomicRanges (1.22.4) 
    * GenomicAlignments (1.6.3)
    * Rsubread (1.20.6)
    * ggbio (1.18.5)
    * aod (1.3)


</WRAP>



===== Installation de Libraries dans votre /home =====

<WRAP center round important 60%>
**Username** / **R_version** / **Package_name** sont respectivement à remplacer par :
  * votre nom d'utilisateur
  * le bon numéro de version R //voir ci-dessus//
  * le nom de votre package
</WRAP>



**1/** Dans votre home, il faut créer un dossier :
    mkdir /home/Username/dossier_library_R

**2/** Toujours dans votre home, vous devrez éditer votre fichier .profile et rajouter à la fin de ce dernier la ligne suivante :
    export R_LIBS="/home/Username/dossier_library_R":$R_LIBS

**3/** Sourcez ensuite votre .profile pour qu'il soit prit en compte :
    source .profile

**4/** Chargez R sur votre session et lancez le :
    module load R/R_version
    R

**5/** Dans R, vous pouvez faire un :
    .libPaths()
pour vérifier que votre .profile est bien prit en compte en obtenant :
    [1] "/home/Username/dossier_library_R"
    [2] "/applis/PSMN/debian9/software/Core/R/R_version/lib/R/library"

**6/** Installez alors votre package avec le chemin de votre home comme suit :
    install.packages("Package_name", lib="/home/Username/dossier_library_R")

**7/** Enfin, il faudra charger le package :
    library(Package_name)

A noter que les dépendances du package doivent être installées sur le PSMN ou dans votre ''/home''.

Il faudra également considérer le fait que votre package n'entre pas en conflit avec des installations déjà existantes.

==== Refs & docs externes ====

  * http://kimura.univ-montp2.fr/calcul_isem/2013/11/parallelisation-avec-r-sur-le-cluster/