====== TopHat 2 ======

   * a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads.



^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  2.1.1  |  N/A  |  N/A  |  /usr/bin    |  Debian 9  |
| | **modulefile** : aucun  ||||

<note important>Please note that TopHat has entered a low maintenance, low support stage as it is now largely superseded by [[documentation:tools:software:hisat|HISAT2]] which provides the same core functionality (i.e. spliced alignment of RNA-Seq reads), in a more accurate and much more efficient way.</note>

<hidden>

^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  2.1.1  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/TopHat/2.1.1/x86_64  |  generic  |
| | **modulefile** : TopHat/2.1.1  ||||
|  2.0.13  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/TopHat/2.0.13/x86_64  |  generic  |
| | **modulefile** : TopHat/2.0.13  ||||


La dépendance sur ''Bowtie'' (2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles.



Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

<note>TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur...)</note>

</hidden>




===== Site officiel =====

  * http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml