====== Trinity ======

  * assembles transcript sequences from Illumina RNA-Seq data.

^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  2.14.0  |  foss-2021b  |  N/A  |  N/A  |  Debian 11  |
| | **modulefile** :  Trinity/2.14.0-foss-2021b-Python-3.9.6 ||||
|  2.6.6  |  GCC/6.3.0  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.6.6  |  Debian 9  |
| | **modulefile** : Trinity/2.6.6  ||||
|  2.5.1  |  GCC/6.4.0 - OpenMPI/3.0.0  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.5.1  |  Debian 9  |
| | **modulefile** : Trinity/2.5.1  ||||
|  2.2.0  |  gcc-6.3.0  |  N/A  |  /usr/bin  |  Debian 9  |
| | **modulefile** : aucun  ||||



Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

<note warning>Pensez à supprimer **après chaque run** les répertoires ''chrysalis/Component_bins'' (ou ''CBin_*'') qui surchargent ''/home'' et ''/scratch''</note>


===== Exemple de script de soumission =====

''qsub -m e -m b trinity-sub.sh''

<code bash trinity-sub.sh>
#!/bin/bash
### variables SGE
HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR
### shell du job:
#$ -S /bin/bash
### nom du job:
#$ -N trinity
### file d'attente:
#$ -q E5-2670deb128bio
### parallel environnement & nslots
#$ -pe openmp16 16
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution
#$ -V

### Modulefiles
source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
module load Trinity/2.5.1
#

### sinon SGE travaille dans ~/
cd ${HOMEDIR}

### def scratchdir for trinity workdir and output
SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch}
mkdir -p $SCRATCHDIR


# *exemple* ! ajustez en fonction des besoins

Trinity --JM 60G --CPU 14 --seqType fq --left genome_f.fastq --right genome_r.fastq --output ${SCRATCHDIR} --path_reinforcement_distance 50

#
</code>

===== Site officiel =====

  * https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki



===== Config Trinity PSMN =====

Le code OpenMPI est désactivé. Seule la version séquentielle/"openmp" a été buildée (ie: mononoeud, SGE ''-pe openmp'').

Options mémoire et CPU :

  * Queues E5-2670
    * -JM, -sort_buffer_size => 85% de la ram, pas plus (64G->**55G**, 128G->**110G**, 256G->**215G**)
    * -cpu => 16 CPU, **OK**.

C'est cpubound, le temps d'exec est le même entre nodes 64G, 128G et 256G

  * Queues x5570/x5650
    * -JM, -sort_buffer_size => 85% de la ram (24G->**20G**)
    * -cpu => 8 CPU, **OK**.

C'est 50% moins rapide que sur E5-2670


===== Doc admin-sys PSMN =====

Trinity doit être buildé là où il sera installé/utilisé (pas de notion de --prefix, pas d'install, chemins en dur lors du build).

Les plugins doivent être buildé après le build général de Trinity (oubli dans le Makefile des plugins)

Corriger <code>tar --no-same-owner</code> dans le Makefile des plugins.

<code>make all && make plugins</code>

<del>:!: jellyfish, voir rush (r20140717).</del>