<note>**RAPPEL** : allo-psmn est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, **et c'est tout**. Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''allo-psmn'', sur [[documentation:clusters:services#serveurs_de_compilation|l'un des serveurs de compilation]]</note>


Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation:tools:sge|à cette page]] ainsi que [[faq:accueil|dans la F.A.Q.]].


====== Soumettre un job ======

On utilise la commande ''qsub'' pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :

<code bash>
qsub script_paralelle 
</code>


====== Scripts de soumission ======

Voici un script de soumission d'un job au système de batch du PSMN.

<note warning>Certaines variables ont ici des valeurs fantaisistes, pour vous forcer à les mettre à jour selon [[documentation:clusters:batch#les_files_d_attente|les configurations réelles des files d'attentes]].</note>


======job parallèle hybrid OpenMP&MPI ======


On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :

<code bash> qsub scriptOpenMP_MPI</code>

<code bash scriptOpenMP_MPI>
#!/bin/bash
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/bash
### nom du job (a changer)
#$ -N TestHybrid
### file d'attente (a changer)
##$ -q E5_test
#$ -q E5-2667v2h6deb128
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
##$ -pe test_debian 2
#$ -pe mpi8_debian 16
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
     
# donné par le système de batch
HOSTFILE=${TMPDIR}/machines

# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}

# init env (should be in ~/.profile)
source /usr/share/lmod/lmod/init/bash

### configurer l'environnement
module purge
module load GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0 
export OMP_NUM_THREADS=8

### au besoin, forcer l'env OpenMPI
PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0/"
MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun

### execution du programme
###EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
###${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe
#mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe
${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -np 2  -bind-to socket -npersocket 1  ./ProgPAR_OpenMP_MPI.c.exe

# fin
</code>


<note important>:!: OpenMPI 1.5.4 et supérieures \\
ATTENTION au hostfile :!:</note>
====== Surveiller un job ======

Voir [[documentation:tools:sge#surveiller_les_jobs|la documentation]] qui correspond et [[documentation:examples:qstat_cli|les exemples]].