<note>**RAPPEL** : allo-psmn est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, **et c'est tout**. Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''allo-psmn'', sur [[documentation:clusters:services#serveurs_de_compilation|l'un des serveurs de compilation]]</note>


Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation:tools:sge|à cette page]] ainsi que [[faq:accueil|dans la F.A.Q.]].


====== Soumettre un job ======

On utilise la commande ''qsub'' pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :

<code bash>
qsub programme <input >output
</code>

Il est possible de rajouter des options :
<code bash>
qsub -V -m b -m e -e /path/to/workdir -o /path/to/workdir -q $QUEUE programme > output.log
</code>

avec :
<code>
-V : export environment variables
-m b : mail @begin
-m e : mail @end
-e : where to put error files
-o : where to put output files
-q : file d'attente
</code>

**Il est plus simple de soumettre simplement un (ou plusieurs) script contenant plus d'options** :

<code>
qsub -m b -m e monscript
</code>

====== Scripts de soumission ======

Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN.

<note warning>Certaines variables ont ici des valeurs fantaisistes, pour vous forcer à les mettre à jour selon [[documentation:clusters:batch#les_files_d_attente|les configurations réelles des files d'attentes]].</note>

D'autres [[documentation:examples:tutorials_scripts|exemples de scripts (soumission, exécution)]], [[documentation:examples:submit_scripts|exemples de scripts de soumission]] ainsi que [[documentation:tutorials:build:accueil|des tutoriaux]].


======job parallèle (shell tcsh)======


On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :

<code bash> qsub batch.csh</code>

<code bash batch.csh>
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecPAR
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
#$ -pe test_debian 2
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
     
# donné par le système de batch
set HOSTFILE=${TMPDIR}/machines

# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}

### configurer l'environnement

module load IntelComp/2017.4/OpenMPI/3.0.0

### au besoin, forcer l'env OpenMPI
set PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0/"
set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun

### execution du programme
###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
###${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe
#mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe
${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -np ${NSLOTS} SommeVecVecPAR.f90.exe

# fin
</code>


<note important>:!: OpenMPI 1.5.4 et supérieures \\
ATTENTION au hostfile :!:</note>
====== Surveiller un job ======

Voir [[documentation:tools:sge#surveiller_les_jobs|la documentation]] qui correspond et [[documentation:examples:qstat_cli|les exemples]].