This toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping.
| Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|---|
| 4.1.7.0 | java/R/Python | N/A | /applis/PSMN/generic/GATK/4.1.7.0 | generic |
| modulefile : GATK/4.1.7.0 | ||||
| 3.8-1 | java | N/A | /applis/PSMN/generic/GATK/3.8-1/ | generic |
| modulefile : GATK/3.8-1 | ||||
| 3.6 | java | N/A | /applis/PSMN/generic/GATK/3.6/ | generic |
| modulefile : GATK/3.6 | ||||
| 3.4-46 | java | N/A | /applis/PSMN/generic/GATK/3.4-46/ | generic |
| modulefile : GATK/3.4-46 | ||||
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
Les dépendances sont incluses dans le modulefile (R, Python3, Java, …).
Usage :
$GATKHOME est une variable d'environnement exposée par le modulefile GATK/<version>.
Le wrapper python2 est directement disponible dans le $PATH.
gatk --version/--help
java -jar $GATKHOME/GenomeAnalysisTK.jar --help