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documentation:examples:modules

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documentation:examples:modules [2013/02/11 10:57] – créée ltaulelldocumentation:examples:modules [2018/01/05 13:25] – [Usage] ltaulell
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 ====== Environment Modules ====== ====== Environment Modules ======
  
-<note important>Disponible uniquement sur Centos6.2 et Debian7</note>+<note warning>FIXME update needed</note>
  
 ===== Usage ===== ===== Usage =====
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   * Charger l'environnement du PSMN   * Charger l'environnement du PSMN
 <code> <code>
-module use /usr/local/Modules+module use /applis/PSMN/Modules
 </code> </code>
  
Ligne 21: Ligne 21:
  
  
-===== Modules disponibles =====+===== Modules disponibles (Novembre 2014) =====
  
 <code> <code>
-:~$ module avail+~$ module avail
  
--------------------------------------------------------- /usr/local/Modules/ --------------------------------------------------------- +---------------------------- /applis/PSMN/Modules ----------------------------- 
-ADF/2010.02                  CP2K/2.2.426-deb7            PhyML/20120412               Spinevolution/3.4.4 +ADF/2010.02                                    FastTree/2.1.7                                 Primer3/2.3.4 
-AllPathsLG/r42874-cen5-amd   Celera/WGS-7.0               PhyML/3.0                    Trinity/r2011-11-26-cen5 +ADF/2012.01                                    GMAP/2014-10-22                                R/2.15.1 
-AllPathsLG/r42874-cen6-intel HTSeq/0.5.3p3                Phylobayes/3.3b-deb7         Trinity/r2012-06-08-cen5 +ADF/2013.01                                    Gaussian/g03-lasim                             R/3.0.2 
-AllPathsLG/r42874-deb7-amd   HTSeq/0.5.3p9                Phylobayes/3.3e-deb7         Trinity/r2012-06-08-cen6 +ADF/2013.01.intelmpi                           Gaussian/g09-chimie                            RSeQC/2.3.1 
-Bowtie/0.12.7                MrBayes/3.2.1-deb7-intel-mpi Primer3/2.3.4                Trinity/r2012-06-08-deb7 +ADF/2013.01.platformmpi                        Gaussian/g09-geol                              RSeQC/2.3.3 
-Bowtie/2.0.2                 MrBayes/3.2.1-deb7-intel-seq RSeQC/2.3                    modules.psmn+Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64                  Gaussian/g09c01-chimie                         SAMtools/1.1 
 +Abinit/7.6.4                                   Gaussian/g09c01-geol                           Spinevolution/3.4.4 
 +AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1                    Gaussian/g09c01-icbms                          Spinevolution/3.4.5 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmp                   Gaussian/g09d01-chimie                         Trinity/r2012-06-08 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4            Gaussian/g09d01-geol                           Trinity/r20140413 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP   Gaussian/g09d01-icbms                          Trinity/r20140717 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP   Gaussian/g09d01-lasim                          VASP/4.6.36-gnu-4.7.2 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP HTSeq/0.5.3p3                                  VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP HTSeq/0.5.3p9                                  VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq                      HTSlib/1.1                                     VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP             Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP             Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          VESTA/3.1.7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP           MAFFT/7.187                                    VMD/1.9.1 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP           MIRA/4.0.2                                     Velvet/1.2.10 
 +BCFtools/1.1                                   Matlab/R2011b                                  aTRAM/1.01 
 +BLAT/35                                        Molden/5.0.6                                   fftw/3.3.3-intel-14.0.1 
 +Base/debian7                                   Molpro/2010.1-intel-14.0.1                     fftw/3.3.3-intel-14.0.1-mpi-1.6.4 
 +Base/psmn                                      Molpro/2010.1-intel-14.0.1-openmp              fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp 
 +Base/sge                                       MrBayes/3.2.1-intel-mpi                        intel/11.1.069 
 +Base/test                                      MrBayes/3.2.1-intel-seq                        intel/12.0.084 
 +Bowtie/0.12.7                                  Oases/0.2.8                                    intel/14.0.1 
 +Bowtie/2.0.2                                   OpenAlea/svn-r4239                             modules.psmn 
 +CP2K/2.2.426                                   ParaView/3.12.0                                openmpi/1.4.1-intel-11.1.069 
 +CP2K/2.5.1                                     ParaView/4.0.1                                 openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2 
 +CP2K/2.5.1-complete                            PhyML/20120412                                 openmpi/1.5.4-gnu-4.7.2 
 +CP2K/2.5.1-minimal                             PhyML/20140223                                 openmpi/1.5.4-intel-12.0.084 
 +Cassandra/2.5.4                                PhyML/3.0                                      openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 
 +Celera/WGS-7.0                                 Phylobayes/3.3b                                openmpi/1.6.4-intel-12.0.084 
 +Corset/1.03                                    Phylobayes/3.3e                                openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
  
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