Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:examples:tutorials_scripts [2015/02/23 14:28] – [Script de soumission tcsh parallèle] cicaluga | documentation:examples:tutorials_scripts [2018/03/15 13:12] – ltaulell | ||
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Ligne 29: | Ligne 29: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
Ligne 36: | Ligne 37: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/tcsh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load intel/ | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
Ligne 68: | Ligne 66: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
Ligne 75: | Ligne 74: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/bash | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load intel/ | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
Ligne 91: | Ligne 87: | ||
==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <note warning> | ||
+ | |||
<code bash> qsub batch.csh</ | <code bash> qsub batch.csh</ | ||
Ligne 111: | Ligne 111: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 121: | Ligne 122: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/tcsh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 135: | Ligne 132: | ||
###set EXECDIR=${HOME}/ | ###set EXECDIR=${HOME}/ | ||
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
+ | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
Ligne 140: | Ligne 138: | ||
</ | </ | ||
- | * variante, usage des modeles (deprecated) | ||
- | < | + | ==== Script de soumission |
- | # | + | |
- | # | + | |
- | ### variables SGE | + | |
- | ### shell du job | + | |
- | #$ -S /bin/tcsh | + | |
- | ### nom du job (a changer) | + | |
- | #$ -N test_par | + | |
- | ### file d' | + | |
- | #$ -q E5-2670_test | + | |
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | + | |
- | #$ -pe test_debian 2 | + | |
- | ### charger l' | + | |
- | #$ -cwd | + | |
- | ### exporter les variables d' | + | |
- | #$ -V | + | |
- | ### mails en debut et fin d' | + | |
- | #$ -m be | + | |
- | # donné par le système de batch | + | <note warning> |
- | set HOSTFILE=$TMPDIR/ | + | |
- | + | ||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | + | |
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | + | |
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | + | |
- | + | ||
- | ### configurer l' | + | |
- | source / | + | |
- | source / | + | |
- | + | ||
- | set PREFIX="/ | + | |
- | set MPIRUN=${PREFIX}/ | + | |
- | + | ||
- | ### execution du programme | + | |
- | set EXECDIR=${HOME}/ | + | |
- | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | + | |
- | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | + | |
- | + | ||
- | # fin | + | |
- | </code> | + | |
- | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | + | |
<code bash> qsub batch.sh</ | <code bash> qsub batch.sh</ | ||
Ligne 203: | Ligne 162: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 213: | Ligne 173: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/bash | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 226: | Ligne 182: | ||
### | ### | ||
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
+ | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
Ligne 252: | Ligne 209: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
Ligne 259: | Ligne 217: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/tcsh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load intel/ | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
Ligne 291: | Ligne 246: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
Ligne 298: | Ligne 254: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/bash | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load intel/ | + | |
### execution du programme | ### execution du programme | ||
Ligne 335: | Ligne 288: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 345: | Ligne 299: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/tcsh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 359: | Ligne 309: | ||
##set EXECDIR=${HOME}/ | ##set EXECDIR=${HOME}/ | ||
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
+ | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
Ligne 385: | Ligne 336: | ||
#$ -V | #$ -V | ||
### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | + | #$ -m b |
+ | #$ -m e | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
Ligne 395: | Ligne 347: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | source /usr/share/modules/init/bash | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | #module load intel/ | + | |
- | module load openmpi/ | + | |
### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
Ligne 408: | Ligne 356: | ||
## | ## | ||
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
+ | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
# fin | # fin | ||
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