Différences

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documentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/08 15:11] – [Script de soumission tcsh] ltaulelldocumentation:examples:tutorials_scripts [2018/03/15 13:12] ltaulell
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 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
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 ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== ==== Script de soumission tcsh parallèle ====
 +
 +
 +<note warning>FIXME update needed</note>
 +
  
 <code bash> qsub batch.csh</code> <code bash> qsub batch.csh</code>
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 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
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 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/14.0.1 +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
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 ###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel ###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe
  
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 </code> </code>
  
-  * variante, usage des modeles (deprecated) 
  
-<code bash batch.csh> +==== Script de soumission bash parallèle ====
-#!/bin/tcsh +
-+
-### variables SGE +
-### shell du job +
-#$ -S /bin/tcsh +
-### nom du job (a changer) +
-#$ -N test_par +
-### file d'attente (a changer) +
-#$ -q E5-2670_test +
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) +
-#$ -pe test_debian 2 +
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE +
-#$ -cwd +
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution +
-#$ -V +
-### mails en debut et fin d'execution +
-#$ -m be+
  
-# donné par le système de batch +<note warning>FIXME update needed</note>
-set HOSTFILE=$TMPDIR/machines +
- +
-# aller dans le repertoire de travail/soumission +
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ +
-cd ${SGE_O_WORKDIR} +
- +
-### configurer l'environnement +
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +
-source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh +
-  +
-set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" +
-set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun +
- +
-### execution du programme +
-set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel +
-${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe +
-#mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe +
- +
-# fin +
-</code> +
-==== Script de soumission bash parallèle ====+
  
 <code bash> qsub batch.sh</code> <code bash> qsub batch.sh</code>
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 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
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 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/14.0.1 +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
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 ###EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel ###EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe
  
Ligne 251: Ligne 209:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/soumission # aller dans le repertoire de travail/soumission
Ligne 258: Ligne 217:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 290: Ligne 246:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/soumission # aller dans le repertoire de travail/soumission
Ligne 297: Ligne 254:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 334: Ligne 288:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 344: Ligne 299:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/14.0.1 +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 358: Ligne 309:
 ##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel ##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe
  
Ligne 384: Ligne 336:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 394: Ligne 347:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/14.0.1 +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 407: Ligne 356:
 ##EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel ##EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe
  
 # fin # fin
 </code> </code>