Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| documentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/08 15:12] – [Script de soumission tcsh parallèle] ltaulell | documentation:examples:tutorials_scripts [2018/03/15 13:12] – ltaulell | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 111: | Ligne 111: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
| Ligne 131: | Ligne 132: | ||
| ###set EXECDIR=${HOME}/ | ###set EXECDIR=${HOME}/ | ||
| ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| + | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
| mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| Ligne 138: | Ligne 140: | ||
| ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ||
| + | |||
| + | <note warning> | ||
| <code bash> qsub batch.sh</ | <code bash> qsub batch.sh</ | ||
| Ligne 158: | Ligne 162: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
| Ligne 168: | Ligne 173: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source /usr/share/modules/init/bash | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | #module load intel/ | + | |
| - | module load openmpi/ | + | |
| ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| Ligne 181: | Ligne 182: | ||
| ### | ### | ||
| ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| + | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
| mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| Ligne 207: | Ligne 209: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
| Ligne 214: | Ligne 217: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source /usr/share/modules/init/tcsh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | module load intel/ | + | |
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| Ligne 246: | Ligne 246: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # aller dans le repertoire de travail/ | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
| Ligne 253: | Ligne 254: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source /usr/share/modules/init/bash | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | module load intel/ | + | |
| ### execution du programme | ### execution du programme | ||
| Ligne 290: | Ligne 288: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
| Ligne 300: | Ligne 299: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source /usr/share/modules/init/tcsh | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | #module load intel/ | + | |
| - | module load openmpi/ | + | |
| ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| Ligne 314: | Ligne 309: | ||
| ##set EXECDIR=${HOME}/ | ##set EXECDIR=${HOME}/ | ||
| ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| + | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
| mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| Ligne 340: | Ligne 336: | ||
| #$ -V | #$ -V | ||
| ### mails en debut et fin d' | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | + | #$ -m b |
| + | #$ -m e | ||
| # donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
| Ligne 350: | Ligne 347: | ||
| ### configurer l' | ### configurer l' | ||
| - | source /usr/share/modules/init/bash | + | source /usr/share/lmod/lmod/init/bash |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | #module load intel/ | + | |
| - | module load openmpi/ | + | |
| ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| Ligne 363: | Ligne 356: | ||
| ## | ## | ||
| ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| + | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader, | ||
| mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
| # fin | # fin | ||
| </ | </ | ||