documentation:examples:tutorials_scripts

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documentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/05 14:31]
ltaulell [Script de soumission bash] 		documentation:examples:tutorials_scripts [2018/03/15 14:12] (Version actuelle)
ltaulell
Ligne 37: Ligne 37:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 77: Ligne 74:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 93: Ligne 87:
  
 ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== ==== Script de soumission tcsh parallèle ====
 +
 +
 +<note warning>​FIXME update needed</​note>​
 +
  
 <code bash> qsub batch.csh</​code>​ <code bash> qsub batch.csh</​code>​
Ligne 113: Ligne 111:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m b 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 123: Ligne 122:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 137: Ligne 132:
 ###set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel ###set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe
  
Ligne 142: Ligne 138:
 </​code>​ </​code>​
  
-  * variante, usage des modeles (deprecated) 
  
-<​code ​bash batch.csh>​ +==== Script de soumission ​bash parallèle ====
-#​!/​bin/​tcsh +
-# +
-### variables SGE +
-### shell du job +
-#$ -S /bin/tcsh +
-### nom du job (a changer) +
-#$ -N test_par +
-### file d'​attente (a changer) +
-#$ -q E5-2670_test +
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) +
-#$ -pe test_debian 2 +
-### charger l'​environnement utilisateur pour SGE +
-#$ -cwd +
-### exporter les variables d'​environnement sur tous les noeuds d'​execution +
-#$ -V +
-### mails en debut et fin d'​execution +
-#$ -m be+
  
-# donné par le système de batch +<note warning>​FIXME update needed</note>
-set HOSTFILE=$TMPDIR/​machines +
- +
-# aller dans le repertoire de travail/​soumission +
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ +
-cd ${SGE_O_WORKDIR} +
- +
-### configurer l'​environnement +
-source /​usr/​local/​modeles/​set_debian7-clean.sh +
-source /​usr/​local/​modeles/​openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh +
-  +
-set PREFIX="/​softs/​openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7"​ +
-set MPIRUN=${PREFIX}/​bin/​mpirun +
- +
-### execution du programme +
-set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel +
-${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe +
-#mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe +
- +
-# fin +
-</code> +
-==== Script de soumission bash parallèle ====+
  
 <code bash> qsub batch.sh</​code>​ <code bash> qsub batch.sh</​code>​
Ligne 205: Ligne 162:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m b 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 215: Ligne 173:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 228: Ligne 182:
 ###​EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel ###​EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe
  
Ligne 254: Ligne 209:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m b 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 261: Ligne 217:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 293: Ligne 246:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m b 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 300: Ligne 254:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 337: Ligne 288:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m b 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 347: Ligne 299:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 361: Ligne 309:
 ##set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel ##set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe
  
Ligne 387: Ligne 336:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m b 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 397: Ligne 347:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 410: Ligne 356:
 ##​EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel ##​EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe
  
 # fin # fin
 </​code>​ </​code>​
documentation/examples/tutorials_scripts.1515159116.txt.gz · Dernière modification: 2018/01/05 14:31 par ltaulell
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