Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente |
documentation:tools:modules [2018/01/04 10:44] – cpetit | documentation:tools:modules [2023/12/12 10:58] (Version actuelle) – supprimée ltaulell |
---|
====== Environment Modules ====== | |
| |
| |
{{INLINETOC}} | |
| |
''Environment Modules'' sert à **configurer l'environnement d'exécution** d'un programme (shell, job, interactif et non-interactif). Chaque programme nécessite un environnement (voir la commande ''env'' dans un shell) correctement configuré pour fonctionner de manière optimale. | |
| |
<note tip>**Rappel** :\\ | |
''allo-psmn'' est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, et **c'est tout**. | |
| |
Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''allo-psmn'', sur l'un des serveurs de compilation. | |
| |
Voir [[documentation:tutorials:ssh:accueil|Se connecter aux clusters]]. | |
</note> | |
===== Modèles ===== | |
| |
Des **exemples** d'initialisation pour les utilisateurs du PSMN sont disponibles dans les fichiers suivant : | |
* ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Cshrc'' | |
* ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bashrc'' | |
* ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Profile'' | |
| |
===== Usage interactif ===== | |
| |
<hidden> | |
==== pour csh/tcsh ==== | |
| |
* Charger l'environnement du PSMN (**shell csh/tcsh**) | |
<code bash> | |
source /usr/share/modules/init/tcsh | |
module use /applis/PSMN/Modules | |
module load Base/psmn | |
</code> | |
| |
Vous pouvez ajouter dans votre ''~/.cshrc'', les lignes suivantes : | |
| |
<code bash> | |
source /usr/share/modules/init/tcsh | |
module use /applis/PSMN/Modules | |
module load Base/psmn | |
</code> | |
| |
==== pour bash ==== | |
| |
* Charger l'environnement du PSMN (**shell bash**) | |
<code bash> | |
source /usr/share/modules/init/bash | |
module use /applis/PSMN/Modules | |
module load Base/psmn | |
</code> | |
| |
Vous pouvez ajouter dans votre ''~/.profile'', les lignes suivantes : | |
| |
<code bash> | |
source /usr/share/modules/init/bash | |
module use /applis/PSMN/Modules | |
module load Base/psmn | |
</code> | |
| |
==== pour tous les shell ==== | |
| |
* Lister les modules disponibles | |
<code bash> | |
module avail | |
</code> | |
| |
* Obtenir la description d'un module | |
<code bash> | |
module whatis <software>/<version> | |
| |
module whatis openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 | |
openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2: loads openmpi 1.6.4 (gnu-4.7.2/Debian7) environment | |
</code> | |
| |
* Obtenir l'aide d'un module | |
<code bash> | |
module help <software>/<version> | |
| |
module help Base/psmn | |
| |
----------- Module Specific Help for 'Base/psmn' ------------------ | |
| |
loads the modules software & base application environment for PSMN | |
| |
This adds specifics to several of the environment variables. | |
automatically load Base/debian7 and Base/sge modulefiles | |
| |
Compatible with Modules version 3.2.9 | |
| |
</code> | |
| |
* Charger un module pour un logiciel | |
<code bash> | |
module load <software>/<version> | |
</code> | |
| |
* Afficher les modules chargés | |
<code bash> | |
module list | |
</code> | |
| |
* Décharger un module | |
<code bash> | |
module unload <software>/<version> | |
</code> | |
| |
* Décharger l'environnement du PSMN | |
<code bash> | |
module unuse /applis/PSMN/Modules | |
</code> | |
| |
| |
:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. | |
| |
| |
===== Usage dans les scripts (non-interactif) ===== | |
| |
:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. | |
| |
==== pour csh/tcsh ==== | |
| |
* ajouter dans le début des scripts : | |
<code bash> | |
source /usr/share/modules/init/tcsh | |
module use /applis/PSMN/Modules | |
module load Base/psmn | |
</code> | |
| |
Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail''). | |
| |
==== pour bash ==== | |
| |
| |
* ajouter dans le début des scripts : | |
| |
<code bash> | |
source /usr/share/modules/init/bash | |
module use /applis/PSMN/Modules | |
module load Base/psmn | |
</code> | |
| |
Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail''). | |
| |
| |
:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. | |
| |
| |
===== Modules disponibles (avril 2016) ===== | |
| |
Cette liste **n'est pas à jour**, utilisez la commande ''module avail'' pour avoir la liste en cours. | |
| |
| |
<code> | |
~$ module avail | |
| |
----------------------------------------------- /applis/PSMN/Modules ----------- | |
ADF/2010.02 Molden/5.0.6 | |
ADF/2012.01 Molden/5.4 | |
ADF/2013.01 Molpro/2010.1-intel-14.0.1 | |
ADF/2013.01.platformmpi Molpro/2010.1-intel-14.0.1-openmp | |
ADF/2014.02 MrBayes/3.2.1-intel-mpi | |
ADF/2014.10 MrBayes/3.2.1-intel-seq | |
Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64 NAMD/2.11-ibverbs | |
Abinit/7.6.4 NAMD/2.11-ibverbs-smp | |
AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1 NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA | |
Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmp NAMD/2.11-multicore | |
Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 NAMD/2.11-multicore-CUDA | |
Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq NAMD/2.9-ibverbs | |
Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP NAMD/2.9-ibverbs-smp | |
Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA | |
Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-DPDP NAMD/2.9-multicore | |
Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-SPFP NAMD/2.9-multicore-CUDA | |
Amber/12-intel-14.0.1-openmp NucleoMiner/1.0 | |
Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 Oases/0.2.8 | |
Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP OpenAlea/2016 | |
Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP OpenAlea/svn-r4239 | |
Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP PBSuite/15.2.20 | |
Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP ParaView/3.12.0 | |
Amber/12-intel-14.0.1-seq ParaView/4.0.1 | |
Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP ParaView/4.4.0 | |
Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP PhyML/20120412 | |
Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP PhyML/20140223 | |
Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP PhyML/3.0 | |
Augustus/3.1 PhyloMerge/0.2 | |
Avogadro/1.1.1 Phylobayes/3.3b | |
BCFtools/1.1 Phylobayes/3.3e | |
BEDTools/2.24.0 Povray/3.7 | |
BLAT/35 Prank/140603 | |
Base/FR.UTF-8 Primer3/2.3.4 | |
Base/debian7 Qbox/1.62.3 | |
Base/psmn Quast/3.2 | |
Base/sge R/2.15.1 | |
Base/test R/3.0.2 | |
Base/test.tcl R/3.2.0 | |
Bismark/0.15.0 R/3.2.4 | |
Blender/2.76b RSEM/1.2.19 | |
Bowtie/0.12.7 RSeQC/2.3.1 | |
Bowtie/1.1.1 RSeQC/2.3.3 | |
Bowtie/2.0.2 SAMtools/0.1.19 | |
Bowtie/2.2.4 SAMtools/1.1 | |
Bwakit/0.7.12 SPAdes/3.6.2 | |
CAFS/1.0 SRAToolkit/2.3.3-2 | |
CP2K/2.2.426 SRAToolkit/2.3.4-2 | |
CP2K/2.5.1 STAR/2.4.1d | |
CP2K/2.5.1-complete Sage/7.0 | |
CP2K/2.5.1-minimal Spinevolution/3.4.4 | |
Cassandra/2.5.4 Spinevolution/3.4.5 | |
Celera/WGS-7.0 StringTie/1.0.1 | |
Celera/WGS-8.3rc2 StringTie/1.2.0 | |
ClonalFrameML/1.25 TopHat/2.0.13 | |
Corset/1.03 Trimmomatic/0.36 | |
Crystal/2.0.1 Trinity/2.0.6 | |
Cufflinks/2.2.1 Trinity/2.1.1 | |
DMAP/20151019 Trinity/r2012-06-08 | |
Dalton/2016.0 Trinity/r20140413 | |
DiscoSNP/2.2.4 Trinity/r20140717 | |
FastQC/0.11.2 Trinotate/2.0.2 | |
FastTree/2.1.7 UCSC/287 | |
FreeFem++/3.42-seq VASP/4.6.36-gnu-4.7.2 | |
GATK/3.4-46 VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 | |
GDL/1.0 VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 | |
GFOLD/1.1.4 VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7 | |
GMAP/2014-10-22 VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 | |
Gaussian/g03-lasim VESTA/3.1.7 | |
Gaussian/g09-chimie VMD/1.9.2 | |
Gaussian/g09-geol Velvet/1.2.10 | |
Gaussian/g09c01-chimie ViennaRNA/2.1.9 | |
Gaussian/g09c01-geol aTRAM/1.01 | |
Gaussian/g09c01-icbms breseq/0.26.1 | |
Gaussian/g09d01-chimie fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp | |
Gaussian/g09d01-geol fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 | |
Gaussian/g09d01-icbms fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 | |
Gaussian/g09d01-lasim fftw/3.3.3-intel-14.0.1-seq | |
HDF5/1.8.15-p1-mpi fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-dp | |
HDF5/1.8.15-p1-seq fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-sp | |
HDF5/1.8.16-mpich2 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-dp | |
HDF5/1.8.16-openmpi fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-sp | |
HDF5/1.8.16-seq fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-dp | |
HISAT/0.1.5b fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-sp | |
HISAT/2.0.0b fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-dp | |
HMMER/3.1b1 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-sp | |
HTSeq/0.5.3p3 gromacs/5.0.5 | |
HTSeq/0.5.3p9 intel/11.1.069 | |
HTSeq/0.6.1 intel/12.0.084 | |
HTSlib/1.1 intel/14.0.1 | |
Java/1.6d7 intel/15.0.2 | |
Java/1.7d7 modules.psmn | |
Java/1.8.0u77 openmpi/1.4.1-intel-11.1.069 | |
Jellyfish/2.2.5 openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2 | |
Jmol/14.4.0 openmpi/1.5.4-gnu-4.7.2 | |
LSDalton/2016.0 openmpi/1.5.4-intel-12.0.084 | |
Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 | |
Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 openmpi/1.6.4-intel-12.0.084 | |
Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 | |
Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 openmpi/1.8.4-intel-14.0.1 | |
Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 picard/1.140 | |
MAFFT/7.187 prinseq/lite-0.20.4 | |
MAPS/3.4.2 python/2.7 | |
MEME/4.10.2 python/3.2 | |
MIRA/4.0.2 tablemaker/2.1.1 | |
Matlab/R2011b | |
| |
</code> | |
| |
</hidden> | |
===== Références ===== | |
| |
* http://modules.sourceforge.net/index.html | |
* http://modules.sourceforge.net/man/modulefile.html | |