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-   * Alignment +  * Alignment 
-     * [[documentation:tools:software:blat|BLAT]] +    * [[documentation:tools:software:blat|BLAT]] 
-     * [[documentation:tools:software:blast|NCBI BLAST2 / BLAST+]] +    * [[documentation:tools:software:blast|NCBI BLAST2 / BLAST+]] 
-     * [[documentation:tools:software:bowtie|Bowtie]] +    * [[documentation:tools:software:bowtie|Bowtie]] 
-     * [[documentation:tools:software:bwakit|BWA]] (Bwakit) +    * [[documentation:tools:software:bwakit|BWA]] (Bwakit) 
-     * [[documentation:tools:software:clustalomega|ClustalOmega]] +    * [[documentation:tools:software:clustalomega|ClustalOmega]] 
-     * [[documentation:tools:software:exonerate|Exonerate]] +    * [[documentation:tools:software:exonerate|Exonerate]] 
-     * [[documentation:tools:software:gblocks|Gblocks]] +    * [[documentation:tools:software:gblocks|Gblocks]] 
-     * [[documentation:tools:software:gmap-gsnap|GMAP/GSNAP]] +    * [[documentation:tools:software:gmap-gsnap|GMAP/GSNAP]] 
-     * [[documentation:tools:software:mafft|MAFFT]] +    * [[documentation:tools:software:mafft|MAFFT]] 
-     * [[documentation:tools:software:prank|Prank]] +    * [[documentation:tools:software:prank|Prank]] 
-     * [[documentation:tools:software:seaview|SeaView]] +    * [[documentation:tools:software:seaview|SeaView]] 
-     * [[documentation:tools:software:snap|SNAP]] +    * [[documentation:tools:software:snap|SNAP]] 
-     * [[documentation:tools:software:star|STAR]] +    * [[documentation:tools:software:star|STAR]] 
-     * [[documentation:tools:software:tcoffee|T-Coffee]] +    * [[documentation:tools:software:tcoffee|T-Coffee]] 
-     * [[documentation:tools:software:hmmer|HMMER /HMMER2]]+    * [[documentation:tools:software:hmmer|HMMER /HMMER2]]
  
   * Genome Assembly   * Genome Assembly
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     * [[documentation:tools:software:velvet|Velvet]]     * [[documentation:tools:software:velvet|Velvet]]
  
-  * Transciptomes Assembly+  * Transcriptomes Assembly
     * [[documentation:tools:software:cufflinks|Cufflinks]]     * [[documentation:tools:software:cufflinks|Cufflinks]]
     * [[documentation:tools:software:hisat|HISAT]]     * [[documentation:tools:software:hisat|HISAT]]
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     * <del> MaLTA </del> [[http://alan.cs.gsu.edu/NGS/?q=malta|.]]     * <del> MaLTA </del> [[http://alan.cs.gsu.edu/NGS/?q=malta|.]]
  
-   * //de novo// assembly  +  * //de novo// assembly  
-     * <del>|aTRAM</del> +    * <del>|aTRAM</del> 
-     * <del>apytram</del> +    * <del>apytram</del> 
-     * <del>Bridger</del> +    * <del>Bridger</del> 
-     * [[documentation:tools:software:canu|Canu]] +    * [[documentation:tools:software:canu|Canu]] 
-     * <del>Celera-WGS</del> +    * <del>Celera-WGS</del> 
-     * [[documentation:tools:software:corset|Corset]] +    * [[documentation:tools:software:corset|Corset]] 
-     * [[documentation:tools:software:mira|MIRA]] +    * [[documentation:tools:software:mira|MIRA]] 
-     * <del>Oases</del> +    * <del>Oases</del> 
-     * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]] +    * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]] 
-     * [[documentation:tools:software:trinity|Trinity]] +    * [[documentation:tools:software:trinity|Trinity]] 
-     * [[documentation:tools:software:velvet|Velvet]] +    * [[documentation:tools:software:velvet|Velvet]]
  
   * Genome/Transcriptome Annotation   * Genome/Transcriptome Annotation
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     * [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark ES/ET]]     * [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark ES/ET]]
     * [[documentation:tools:software:transdecoder|TransDecoder]]     * [[documentation:tools:software:transdecoder|TransDecoder]]
- 
  
   * Sequences clustering   * Sequences clustering
     * <del>SiLiX</del>     * <del>SiLiX</del>
-   +
   * Estimate RNA-seq Abundance   * Estimate RNA-seq Abundance
     * [[documentation:tools:software:cufflinks|Cufflinks]]     * [[documentation:tools:software:cufflinks|Cufflinks]]
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     * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]]     * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]]
  
-   * SNP +  * SNP 
-     * [[documentation:tools:software:bcftools|BCFtools]] +    * [[documentation:tools:software:bcftools|BCFtools]] 
-     * [[documentation:tools:software:breseq|breseq]]  +    * [[documentation:tools:software:breseq|breseq]]  
-     * [[documentation:tools:software:discosnp|DiscoSNP]] +    * [[documentation:tools:software:discosnp|DiscoSNP]] 
-     * [[documentation:tools:software:gatk|GATK]] +    * [[documentation:tools:software:gatk|GATK]] 
-     * [[documentation:tools:software:kissplice|KisSplice]] +    * [[documentation:tools:software:kissplice|KisSplice]] 
-     * [[documentation:tools:software:snpeff|SnpEff]] +    * [[documentation:tools:software:snpeff|SnpEff]] 
-     * <del> SNPScanner </del>+    * <del> SNPScanner </del>
  
   * Phylogeny   * Phylogeny
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     * <del> Guidance & Guidance2 </del>      * <del> Guidance & Guidance2 </del> 
  
-   * ChIP-seq Analysis +  * ChIP-seq Analysis 
-     * [[documentation:tools:software:drompa|DROMPA]] +    * [[documentation:tools:software:drompa|DROMPA]] 
-     * [[documentation:tools:software:macs|MACS/MACS2]] +    * [[documentation:tools:software:macs|MACS/MACS2]] 
-     * [[documentation:tools:software:music|MUSIC]] +    * [[documentation:tools:software:music|MUSIC]] 
-     * [[documentation:tools:software:odin|ODIN]] +    * [[documentation:tools:software:odin|ODIN]]
  
   * Nucleosomes Mapping   * Nucleosomes Mapping
-     * <del>NucleoMiner</del>+    * <del>NucleoMiner</del>
  
-     * Handle NGS Data +  * Handle NGS Data 
-       * [[documentation:tools:software:bamtools|BamTools]] +    * [[documentation:tools:software:bamtools|BamTools]] 
-       * [[documentation:tools:software:bedtools|BEDTools]] +    * [[documentation:tools:software:bedtools|BEDTools]] 
-       * [[documentation:tools:software:fastq-tools|fastq-tools]] +    * [[documentation:tools:software:fastq-tools|fastq-tools]] 
-       * [[documentation:tools:software:fastx-toolkit|FASTX-Toolkit]] +    * [[documentation:tools:software:fastx-toolkit|FASTX-Toolkit]] 
-       * [[documentation:tools:software:htseq|HTSeq]] +    * [[documentation:tools:software:htseq|HTSeq]] 
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-       * <del>Homer</del> +    * <del>Homer</del>
- +
-    * NGS data visualization +
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 +  * NGS data visualization
 +    * [[documentation:tools:software:pybigwig|pyBigWig]]
 +    * [[documentation:tools:software:ucsc|UCSC]]
     * Trim rna-seq reads     * Trim rna-seq reads
-      * [[documentation:tools:software:prinseq-lite|prinseq-lite]] +    * [[documentation:tools:software:prinseq-lite|prinseq-lite]] 
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-     * Libraries /Languages +  * Libraries /Languages 
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-     * Quality Control NGS Data +  * Quality Control NGS Data 
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-       * [[documentation:tools:software:rseqc|RSeQC]] +    * [[documentation:tools:software:rnaseqc|RNAseq-QC]] 
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 +    * [[documentation:tools:software:quast|Quast]]
  
-    * Bisulfite mapping methylation call +  * Bisulfite mapping methylation call 
-      * [[documentation:tools:software:bismark|Bismark]]+    * [[documentation:tools:software:bismark|Bismark]]
  
-    * Clustering  +  * Clustering  
-      * [[documentation:tools:software:cafs|CAFS]]+    * [[documentation:tools:software:cafs|CAFS]]
  
-    * Detection of reconbination +  * Detection of reconbination 
-      * [[documentation:tools:software:clonalframeml|ClonalFrameML]]+    * [[documentation:tools:software:clonalframeml|ClonalFrameML]]
    
-   * DNA methylation +  * DNA methylation 
-     * [[documentation:tools:software:dmap|DMAP]]+    * [[documentation:tools:software:dmap|DMAP]]
  
-   * Tools for Molecular Biology +  * Tools for Molecular Biology 
-     * [[documentation:tools:software:emboss|EMBOSS Suite]]+    * [[documentation:tools:software:emboss|EMBOSS Suite]]
  
-   * PCR Primers +  * PCR Primers 
-     * [[documentation:tools:software:primer3|Primer3]]+    * [[documentation:tools:software:primer3|Primer3]]
  
-   * NMR +  * NMR 
-     * <del>Spinevolution</del>+    * <del>Spinevolution</del>
  
-   * DNase-seq Analysis +  * DNase-seq Analysis 
-     * [[documentation:tools:software:pydnase|pyDNase]]+    * [[documentation:tools:software:pydnase|pyDNase]]
  
-   * Predict RNA secondary strucures  +  * Predict RNA secondary strucures  
-     * [[documentation:tools:software:viennarna|ViennaRNA]]    +    * [[documentation:tools:software:viennarna|ViennaRNA]]    
  
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documentation/tools/software/bioinfo.1591955685.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)