Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:software:gatk [2016/04/13 07:20] – [GATK / Genome Analysis Toolkit] ltaulell | documentation:tools:software:gatk [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 | ||
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
====== GATK / Genome Analysis Toolkit ====== | ====== GATK / Genome Analysis Toolkit ====== | ||
+ | |||
+ | This toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping. | ||
^ Version | ^ Version | ||
- | | | + | | |
+ | | | **modulefile** : GATK/ | ||
+ | | 3.8-1 | java | ||
+ | | | **modulefile** : GATK/ | ||
+ | | 3.6 | java | ||
+ | | | **modulefile** : GATK/ | ||
+ | | | ||
| | **modulefile** : GATK/ | | | **modulefile** : GATK/ | ||
Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
+ | |||
+ | Les dépendances sont incluses dans le modulefile (R, Python3, Java, ...). | ||
Usage : | Usage : | ||
- | '' | + | |
- | < | + | '' |
- | java -jar $GATKHOME/GenomeAnalysisTK.jar | + | |
+ | * **Version(s) | ||
+ | |||
+ | Le wrapper python2 est directement disponible dans le '' | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | gatk --version/--help | ||
</ | </ | ||
- | {{INLINETOC}} | + | * **Version(s) 3** : |
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | java -jar $GATKHOME/ | ||
+ | </ | ||
===== Site officiel ===== | ===== Site officiel ===== | ||
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