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documentation:tools:software:gatk [2016/04/13 07:20] – [GATK / Genome Analysis Toolkit] ltaulelldocumentation:tools:software:gatk [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 ====== GATK / Genome Analysis Toolkit ====== ====== GATK / Genome Analysis Toolkit ======
 +
 +This toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping.
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  3.4-46   N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/3.4-46  N/A  |+|  4.1.7.0  |  java/R/Python  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/4.1.7.0  |  generic 
 +| | **modulefile** : GATK/4.1.7.0  |||| 
 +|  3.8-1  |  java   N/A   /applis/PSMN/generic/GATK/3.8-1/  |  generic 
 +| | **modulefile** : GATK/3.8-1  |||| 
 +|  3.6  |  java   N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/3.6/  |  generic 
 +| | **modulefile** : GATK/3.6  |||| 
 +|  3.4-46  | java   |  N/A   /applis/PSMN/generic/GATK/3.4-46/  |  generic  |
 | | **modulefile** : GATK/3.4-46  |||| | | **modulefile** : GATK/3.4-46  ||||
  
  
 Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
 +
 +Les dépendances sont incluses dans le modulefile (R, Python3, Java, ...).
  
 Usage : Usage :
-''$GATKHOME'' est une variable globale exporté par le modulefile ''GATK/3.4-46''+ 
-<code> +''$GATKHOME'' est une variable d'environnement exposée par le modulefile ''GATK/<version>''. 
-java -jar $GATKHOME/GenomeAnalysisTK.jar --help+ 
 +  * **Version(s) 4** : 
 + 
 +Le wrapper python2 est directement disponible dans le ''$PATH''. 
 + 
 +<code bash
 +gatk --version/--help
 </code> </code>
  
-{{INLINETOC}}+  * **Version(s) 3** : 
 + 
 +<code bash> 
 +java -jar $GATKHOME/GenomeAnalysisTK.jar --help 
 +</code>
  
 ===== Site officiel ===== ===== Site officiel =====
  
   * https://www.broadinstitute.org/gatk/   * https://www.broadinstitute.org/gatk/
documentation/tools/software/gatk.1460532008.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)