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GATK / Genome Analysis Toolkit
- the toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping.
| Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|---|
| 3.6 | java | N/A | /applis/PSMN/generic/GATK/3.6/ | generic |
| modulefile : GATK/3.6 | ||||
| 3.4-46 | java | N/A | /applis/PSMN/generic/GATK/3.4-46/ | generic |
| modulefile : GATK/3.4-46 | ||||
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
Usage :
$GATKHOME est une variable d'environnement exposée par le modulefile GATK/<version>.
java -jar $GATKHOME/GenomeAnalysisTK.jar --help