Administrer
documentation:tools:software:genemark

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Prochaine révision		Révision précédente
documentation:tools:software:genemark [2017/01/24 09:47] – créée ltaulelldocumentation:tools:software:genemark [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
Ligne 1: Ligne 1:
  
 <note warning>Prior to use, you **MUST** acquire a licence key from Georgia Institute of Technology \\ <note warning>Prior to use, you **MUST** acquire a licence key from Georgia Institute of Technology \\
-http://exon.gatech.edu/license_download.cgi+here at http://exon.gatech.edu/license_download.cgi
 </note> </note>
  
  
 ====== GeneMark ES/ET ====== ====== GeneMark ES/ET ======
 +
 +  * eukaryotic gene finder that can perform gene prediction without curated training sets.
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  4.32  |  N/A  |  N/A  |    |  Debian 7  | +|  4.32  |  N/A  |  N/A  |  ''/applis/PSMN/generic/GeneMark/4.32/bin''  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : GeneMark/4.32  ||||+| | **modulefile** : GeneMark/4.32   |||| 
  
 Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
 +
 +<note important>You **MUST** have a valid licence key located at ''~/.gm_key'' \\
 +Get it from http://exon.gatech.edu/license_download.cgi
 +</note>
 +
 +
 +===== Usage on PSMN =====
 +
 +GeneMark need additionals PERL modules installable from CPAN (see [[documentation:tools:langages:perl5|Perl5]] for CPAN installation/configuration ):
 +
 +<code perl>
 +cpan
 +> install Hash::Merge
 +> install Logger::Simple
 +> install Sub::Uplevel
 +> install Parallel::ForkManager
 +</code>
 +
 +
 +===== Site officiel =====
 +  * http://exon.gatech.edu/GeneMark/
 +
 +
documentation/tools/software/genemark.1485251258.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)
Rechercher
Translations
Piste :
Vous êtes ici : accueil » documentation » tools » software » genemark
Navigation
Pôle Scientifique de Modélisation Numérique, ENS de Lyon - 46, allée d'Italie - 69364 Lyon cedex 07 - France
Téléphone : +33 (0)4 72 72 83 67
Sauf mention contraire, le contenu de ce wiki est placé sous les termes de la licence suivante : CC Attribution-Share Alike 4.0 International
Modified Scanlines on DokuWiki under the hood