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documentation:tools:software:genemark

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 <note warning>Prior to use, you **MUST** acquire a licence key from Georgia Institute of Technology \\ <note warning>Prior to use, you **MUST** acquire a licence key from Georgia Institute of Technology \\
-http://exon.gatech.edu/license_download.cgi+here at http://exon.gatech.edu/license_download.cgi
 </note> </note>
  
  
 ====== GeneMark ES/ET ====== ====== GeneMark ES/ET ======
 +
 +  * eukaryotic gene finder that can perform gene prediction without curated training sets.
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  4.32  |  N/A  |  N/A  |    |  Debian 7  | +|  4.32  |  N/A  |  N/A  |  ''/applis/PSMN/generic/GeneMark/4.32/bin''  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : GeneMark/4.32  ||||+| | **modulefile** : GeneMark/4.32   |||| 
  
 Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
  
-<note important>You **MUST** have a valid licence key located at ''~/.gm_key''</note>+<note important>You **MUST** have a valid licence key located at ''~/.gm_key'' \\ 
 +Get it from http://exon.gatech.edu/license_download.cgi 
 +</note> 
 + 
 + 
 +===== Usage on PSMN ===== 
 + 
 +GeneMark need additionals PERL modules installable from CPAN (see [[documentation:tools:langages:perl5|Perl5]] for CPAN installation/configuration ): 
 + 
 +<code perl> 
 +cpan 
 +> install Hash::Merge 
 +> install Logger::Simple 
 +> install Sub::Uplevel 
 +> install Parallel::ForkManager 
 +</code> 
 + 
 + 
 +===== Site officiel ===== 
 +  * http://exon.gatech.edu/GeneMark/ 
 + 
documentation/tools/software/genemark.1485252072.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)
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