Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tools:software:lammps [2016/03/07 05:57] – [LAMMPS] cicaluga | documentation:tools:software:lammps [2020/10/15 07:01] (Version actuelle) – cicaluga | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 16: | Ligne 16: | ||
| | 7Dec15 | | 7Dec15 | ||
| | | **modulefile** : Lammps/ | | | **modulefile** : Lammps/ | ||
| + | | 11Aug17 | ||
| + | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| + | | 22Aug2018 | ||
| + | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| + | | 15Nov2018 | ||
| + | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| + | | 19Sep2019 | ||
| + | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| + | | 3Mar20 | ||
| + | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| + | | 3Mar20 avec GAP et QUIP | openmpi-3.0.0-intel/ | ||
| + | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| + | |||
| Ligne 33: | Ligne 46: | ||
| $ cp -r / | $ cp -r / | ||
| $ cd / | $ cd / | ||
| + | $ source / | ||
| + | $ module use / | ||
| + | $ module load Base/ | ||
| $ module load Lammps/ | $ module load Lammps/ | ||
| $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out | $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out | ||
| </ | </ | ||
| + | Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps). | ||
| Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile '' | Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile '' | ||
| - | |||
| ===== Doc admin-sys PSMN ===== | ===== Doc admin-sys PSMN ===== | ||
| Ligne 72: | Ligne 88: | ||
| </ | </ | ||
| + | ===== Exemples d' | ||
| + | |||
| + | L' exemple décri le mode d' | ||
| + | |||
| + | |||
| + | - créer un répertoire de test et travailler dedans : <code bash> | ||
| + | mkdir $HOME/ | ||
| + | cd $HOME/ | ||
| + | |||
| + | - copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test : <code bash> | ||
| + | cp / | ||
| + | |||
| + | - exécuter LAMMPS avec un script de soumission SGE et de soumettre ce script : <code bash> | ||
| + | |||
| + | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| + | #!/bin/bash | ||
| + | #$ -S /bin/bash | ||
| + | #$ -N Test_Lammps | ||
| + | #$ -q E5_test | ||
| + | #$ -pe test_debian 4 | ||
| + | #$ -cwd | ||
| + | #$ -V | ||
| + | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
| + | |||
| + | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
| + | |||
| + | ### configurer l' | ||
| + | module purge | ||
| + | module load LAMMPS/ | ||
| + | |||
| + | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| + | PREFIX="/ | ||
| + | MPIRUN=" | ||
| + | |||
| + | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps < in.lj > lammps_in.log | ||
| + | |||
| + | # fin | ||
| + | |||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| + | Your job 2534457 (" | ||
| + | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| + | job-ID | ||
| + | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ||
| + | 2534457 0.00000 Test_Lammp ccalugar | ||
| + | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| + | job-ID | ||
| + | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ||
| + | 2534457 0.07384 Test_Lammp ccalugar | ||
| + | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| + | job-ID | ||
| + | |||
| + | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| + | total 11 | ||
| + | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 494 Mar 27 17:01 script_LAMMPS | ||
| + | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 470 Mar 27 17:08 in.lj | ||
| + | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.pe2534457 | ||
| + | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.o2534457 | ||
| + | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.e2534457 | ||
| + | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2602 Mar 27 17:08 log.lammps | ||
| + | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2046 Mar 27 17:08 lammps_in.log | ||
| + | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 51 Mar 27 17:08 Test_Lammps.po2534457 | ||
| + | |||
| + | </ | ||