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LAMMPS

Version Compilateur Interconnexion chemin d'accès OS
11Nov13 openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps-11Nov13/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps Debian 7
modèle tsch : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.csh
modèle bash : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.sh
modulefile : Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1
28Jun14 openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps Debian 7
modèle tsch : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.csh
modèle bash : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.sh
modulefile : Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1
28Jun14 openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps Debian 7
modulefile : Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
15May15 openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps/15May15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps Debian 7
modulefile : Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
7Dec15 openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps Debian 7
modulefile : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
  • Chemin d'installation (pour la doc, exemples, etc.) :
/applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4
  • Test de fonctionnement (version 28Jun14)
   $ cp -r /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bench/ /home/nom_login/bench_lammps
   $ cd /home/nom_login/bench_lammps
   $ source /usr/share/modules/init/tcsh # éventuellement (si pas déjà fait) ; pour un autre shell (bash) utiliser le fichier correspondant
   $ module use /applis/PSMN/Modules     # éventuellement (si pas déjà fait)
   $ module load Base/psmn               # éventuellement (si pas déjà fait)
   $ module load Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
   $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out

Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps). Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 pour configurer l'environnement d'éxecution.

Doc admin-sys PSMN

LAMMPS_28Jun14

  • Construction avec Intel 14.0.1 et OpenMPI 1.6.4
cd lammps-28Jun14
cp MAKE/Makefile.linux MAKE/Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
CC =            mpic++
CCFLAGS =       -O2 
LINK =          mpic++
MPI_INC, MPI_PATH, MPI_LIB = 
FFT_INC, FFT_PATH, FFT_LIB = 
les paquets additionnels CLASS2, MOLECULE, RIGID,USER-CG-CMM, USER-OMP
   $ make yes-class2
   $ make yes-molecule 
   $ make yes-rigid
   $ make yes-user-cg-cmm
   $ make yes-user-omp 
make openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
documentation/tools/software/lammps.1457332094.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)