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LAMMPS

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Version Compilateur Interconnexion chemin d'accès OS
11Nov13 openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps-11Nov13/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps Debian 7
modèle tsch : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.csh
modèle bash : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.sh
modulefile : Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1
28Jun14 openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps Debian 7
modèle tsch : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.csh
modèle bash : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.sh
modulefile : Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1
28Jun14 openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps Debian 7
modulefile : Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
15May15 openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps/15May15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps Debian 7
modulefile : Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
7Dec15 openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 Infiniband /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps Debian 7
modulefile : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
11Aug17 openmpi-3.0.0-intel/2017.4 Infiniband /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/11Aug17/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/
modulefile : LAMMPS/11Aug17-iomkl-2017.4-3.0.0
22Aug2018 openmpi-3.0.0-intel/2017.4 Infiniband /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/22Aug2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/
modulefile : LAMMPS/22Aug2018-iomkl-2017.4-3.0.0
15Nov2018 openmpi-3.0.0-intel/2017.4 Infiniband /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/
modulefile : LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
  • Chemin d'installation (pour la doc, exemples, etc.) :
/applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4
  • Test de fonctionnement (version 28Jun14)
   $ cp -r /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bench/ /home/nom_login/bench_lammps
   $ cd /home/nom_login/bench_lammps
   $ source /usr/share/modules/init/tcsh # éventuellement (si pas déjà fait) ; pour un autre shell (bash) utiliser le fichier correspondant
   $ module use /applis/PSMN/Modules     # éventuellement (si pas déjà fait)
   $ module load Base/psmn               # éventuellement (si pas déjà fait)
   $ module load Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
   $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out

Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps). Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 pour configurer l'environnement d'éxecution.

Doc admin-sys PSMN

LAMMPS_28Jun14

  • Construction avec Intel 14.0.1 et OpenMPI 1.6.4
cd lammps-28Jun14
cp MAKE/Makefile.linux MAKE/Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
CC =            mpic++
CCFLAGS =       -O2 
LINK =          mpic++
MPI_INC, MPI_PATH, MPI_LIB = 
FFT_INC, FFT_PATH, FFT_LIB = 
les paquets additionnels CLASS2, MOLECULE, RIGID,USER-CG-CMM, USER-OMP
   $ make yes-class2
   $ make yes-molecule 
   $ make yes-rigid
   $ make yes-user-cg-cmm
   $ make yes-user-omp 
make openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7

Exemples d'utilisation au PSMN

L' exemple décri le mode d'utilisation de LAMMPS en mode parallèle multithreadé (un seul noeud).

  1. créer un répertoire de test et travailler dedans :
         mkdir $HOME/test_lammps
         cd $HOME/test_lammps 

- copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test :

     cp /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4-3.0.0/bench/in.lj . 

- exécuter LAMMPS avec un script de soumission SGE et de soumettre ce script :

 
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ vi script_LAMMPS 
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -N Test_Lammps
#$ -q E5_test
#$ -pe test_debian 4
#$ -cwd
#$ -V
HOSTFILE=${TMPDIR}/machines
 
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
module purge
module load LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0
 
### au besoin, forcer l'env OpenMPI
PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0"
MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun"
 
$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps < in.lj > lammps_in.log
 
# fin
documentation/tools/software/lammps.1553704733.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)