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documentation:tools:software:lammps [2019/03/27 16:38] cicalugadocumentation:tools:software:lammps [2020/10/15 07:01] (Version actuelle) cicaluga
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 ====== LAMMPS ====== ====== LAMMPS ======
- 
-<note warning>update needed</note> 
- 
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
Ligne 19: Ligne 16:
 |  7Dec15  |  openmpi-1.8.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps  |  Debian 7  | |  7Dec15  |  openmpi-1.8.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps  |  Debian 7  |
 | | **modulefile** : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| | | **modulefile** : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ||||
-|  11Aug17  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/11Aug17/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  |+|  11Aug17  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/11Aug17/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  | Debian 7 |
 | | **modulefile** : LAMMPS/11Aug17-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | | **modulefile** : LAMMPS/11Aug17-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
-|  22Aug2018  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/22Aug2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  |+|  22Aug2018  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/22Aug2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
 | | **modulefile** : LAMMPS/22Aug2018-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | | **modulefile** : LAMMPS/22Aug2018-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
-|  15Nov2018  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  |+|  15Nov2018  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
 | | **modulefile** : LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | | **modulefile** : LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
 +|  19Sep2019  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/19Sep19/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
 +| | **modulefile** : LAMMPS/19Sep2019-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
 +|  3Mar20  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/3Mar20/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
 +| | **modulefile** : LAMMPS/3Mar20-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
 +|  3Mar20 avec GAP et QUIP  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/3Mar20-quip-gap/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
 +| | **modulefile** : LAMMPS/3Mar20-quip-gap-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
  
  
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 ===== Exemples d'utilisation au PSMN =====  ===== Exemples d'utilisation au PSMN ===== 
  
-L' exemple décri le mode d'utilisation de LAMMPS en mode parallèle multithreadé (un seul noeud).+L' exemple décri le mode d'utilisation de LAMMPS en mode parallèle MPI.
  
  
   - créer un répertoire de test et travailler dedans : <code bash>    - créer un répertoire de test et travailler dedans : <code bash> 
-     mkdir $HOME/test_lammps +     mkdir $HOME/Test_LAMMPS 
-     cd $HOME/test_lammps </code>+     cd $HOME/Test_LAMMPS </code>
            
  - copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test : <code bash>   - copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test : <code bash> 
Ligne 122: Ligne 125:
  
 # fin # fin
 +
 +</code>  
 +
 +<code bash>
 +ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qsub script_LAMMPS 
 +Your job 2534457 ("Test_Lammps") has been submitted
 +ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
 +job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID 
 +-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 +2534457 0.00000 Test_Lammp ccalugar     qw    03/27/2019 17:07:45                                    4        
 +ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
 +job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID 
 +-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 +2534457 0.07384 Test_Lammp ccalugar         03/27/2019 17:07:55 E5_test@c8220node123                      
 +ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
 +job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID 
 +
 +ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ ls -ltr
 +total 11
 +-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp  494 Mar 27 17:01 script_LAMMPS
 +-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp  470 Mar 27 17:08 in.lj
 +-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp    0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.pe2534457
 +-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp    0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.o2534457
 +-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp    0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.e2534457
 +-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2602 Mar 27 17:08 log.lammps
 +-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2046 Mar 27 17:08 lammps_in.log
 +-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp   51 Mar 27 17:08 Test_Lammps.po2534457
  
 </code>      </code>     
documentation/tools/software/lammps.1553704733.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)