Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentesRévision précédente
Prochaine révision
Révision précédente
documentation:tools:software:r [2021/02/08 14:33] – [R 3.6.1] ltaulelldocumentation:tools:software:r [2022/07/11 06:05] (Version actuelle) – [R 4.0] ltaulell
Ligne 1: Ligne 1:
 ====== R Statistical Computing ====== ====== R Statistical Computing ======
  
-===== R 3.6.1 =====+R is a free software environment for statistical computing and graphics. 
 +===== R 4.1 ===== 
 +^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ 
 +|  4.1.2  |  foss/2021b  |  **depending on partition**  |  **Debian 11**  | 
 +| | **modulefile** : ''R/4.1.2-foss-2021b''  ||| 
 +|  4.1.1  |  GCC/8.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/4.1.1/bin''  |  **Debian 9**  | 
 +| | **modulefile** : ''R/4.1.1''  ||| 
 + 
 +<code> 
 +${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software 
 +</code> 
 + 
 +Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] 
 + 
 +=== libraries === 
 + 
 +Pour cette version de R, il est maintenant conseillé d'installer les packages supplémentaires dans votre home. Voir la documentation à [[documentation:tools:software:r#installation_de_libraries_dans_votre_home|la fin de cette page]]. 
 + 
 + 
 +===== R 4.0 ===== 
 +^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ 
 +|  4.0.4  |  gcc 10.2.1-6  |  ''/usr/bin''  |  **Debian 11**  | 
 +| | **modulefile** : ''none''  ||| 
 +|  4.0.3  |  GCC/8.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/4.0.3/bin''  |  **Debian 9**  | 
 +| | **modulefile** : ''R/4.0.3''  ||| 
 + 
 + 
 +<code> 
 +${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software 
 +</code> 
 + 
 +Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] 
 + 
 +=== libraries === 
 + 
 +Use ''library()'' and ''installed.packages()'' to list all installed packages (on users's requests). 
 + 
 +<note important>**DESeq** et **DESeq2** ne sont pas installable sur notre version 4.0.3. Si vous avez besoin de l'un ou l'autre, utilisez la version R/3.6.1</note> 
 + 
 +Pour cette version de R, il est maintenant conseillé d'installer les packages supplémentaires dans votre home. Voir la documentation à [[documentation:tools:software:r#installation_de_libraries_dans_votre_home|la fin de cette page]]. 
 + 
 +===== R 3.6 =====
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
 |  3.6.1  |  GCC/7.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/3.6.1/bin''  |  **Debian 9**  | |  3.6.1  |  GCC/7.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/3.6.1/bin''  |  **Debian 9**  |
Ligne 61: Ligne 102:
  
  
-===== R 3.4.3 =====+===== R 3.4 =====
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
 |  3.4.3  |  GCC/7.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/3.4.3/bin''  |  **Debian 9**  | |  3.4.3  |  GCC/7.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/3.4.3/bin''  |  **Debian 9**  |
Ligne 172: Ligne 213:
 </WRAP> </WRAP>
  
 +
 +
 +===== Installation de Libraries dans votre /home =====
 +
 +<WRAP center round important 60%>
 +**Username** / **R_version** / **Package_name** sont respectivement à remplacer par :
 +  * votre nom d'utilisateur
 +  * le bon numéro de version R //voir ci-dessus//
 +  * le nom de votre package
 +</WRAP>
 +
 +
 +
 +**1/** Dans votre home, il faut créer un dossier :
 +    mkdir /home/Username/dossier_library_R
 +
 +**2/** Toujours dans votre home, vous devrez éditer votre fichier .profile et rajouter à la fin de ce dernier la ligne suivante :
 +    export R_LIBS="/home/Username/dossier_library_R":$R_LIBS
 +
 +**3/** Sourcez ensuite votre .profile pour qu'il soit prit en compte :
 +    source .profile
 +
 +**4/** Chargez R sur votre session et lancez le :
 +    module load R/R_version
 +    R
 +
 +**5/** Dans R, vous pouvez faire un :
 +    .libPaths()
 +pour vérifier que votre .profile est bien prit en compte en obtenant :
 +    [1] "/home/Username/dossier_library_R"
 +    [2] "/applis/PSMN/debian9/software/Core/R/R_version/lib/R/library"
 +
 +**6/** Installez alors votre package avec le chemin de votre home comme suit :
 +    install.packages("Package_name", lib="/home/Username/dossier_library_R")
 +
 +**7/** Enfin, il faudra charger le package :
 +    library(Package_name)
 +
 +A noter que les dépendances du package doivent être installées sur le PSMN ou dans votre ''/home''.
 +
 +Il faudra également considérer le fait que votre package n'entre pas en conflit avec des installations déjà existantes.
  
 ==== Refs & docs externes ==== ==== Refs & docs externes ====
documentation/tools/software/r.1612794792.txt.gz · Dernière modification : 2021/02/08 14:33 de ltaulell