Ceci est une ancienne révision du document !
R Statistical Computing
R is a free software environment for statistical computing and graphics.
R 4.0
| Version | Compilateur | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|
| 4.0.3 | GCC/8.2.0 | ${SITE}/Core/R/4.0.3/bin | Debian 9 |
modulefile : R/4.0.3 |
|||
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
libraries
Use library() and installed.packages() to list all installed packages (on users's requests).
DESeq et DESeq2 ne sont pas installable sur notre version 4.0.3. Si vous avez besoin de l'un ou l'autre, utilisez la version R/3.6.1
R 3.6
| Version | Compilateur | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|
| 3.6.1 | GCC/7.2.0 | ${SITE}/Core/R/3.6.1/bin | Debian 9 |
modulefile : R/3.6.1 |
|||
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
libraries
- igraph
- ade4
- ggplot2
- seqinr
- multitaper
- doMC
- iterators
- foreach
- XNomial
- data.table
- devtools
- ape
- phangorn
- Bioconductor(3.9)
- DESeq
- xtable
- BiocGenerics
- bsseq
- glmnet
- DSS
- Biobase
- DESeq2
- EBSeq
- goseq
- memoise
- BiSeq
- DEXSeq
- GenomicRange
- GenomicAlignments
- Repitools
- Rsubread
- ggbio
- AnnotationDbi
- scone
- rtracklayer
- Git
- methylKit
- goldmine
methylaction- tailfindr
- Pasha
R 3.4
| Version | Compilateur | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|
| 3.4.3 | GCC/7.2.0 | ${SITE}/Core/R/3.4.3/bin | Debian 9 |
modulefile : R/3.4.3 |
|||
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
libraries
- igraph
- ade4
- ggplot2
- seqinr
- multitaper
- doMC
- iterators
- foreach
- XNomial
- data.table
- devtools
- phangorn
- ape
- Git
- methylKit
- goldmine
- methylaction
- Bioconductor(3.6)
- DESeq
- xtable
- BiocGenerics
- bsseq
- glmnet
- DSS
- Biobase
- DESeq2
- EBSeq
- goseq
- memoise
- BiSeq
- DEXSeq
- GenomicRange
- GenomicAlignments
- Repitools
- Rsubread
- ggbio
- aod
R 3.2
| Version | Compilateur | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|
| 3.2.4 | GCC/7.2.0 | ${SITE}/Core/R/3.2.4/bin | Debian 9 |
modulefile : R/3.2.4 |
|||
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
libraries
Les packages suivants (ainsi que leurs dépendances) sont installés :
- igraph
- ade4
- ggplot2
- seqinr
- multitaper
- doMC
- iterators
- foreach
- XNomial
- data.table
- devtools
- phangorn
- ape
- Git
- goldmine
- methylaction
- Bioconductor(3.2)
- DESeq (1.22.1)
- xtable (1.8-2)
- BiocGenerics (0.16.1)
- bsseq (1.6.0)
- glmnet (2.0-13)
- DSS (2.10.0)
- Biobase (2.30.0)
- DESeq2 (1.10.1)
- EBSeq (1.10.0)
- memoise (1.1.0)
- DEXSeq (1.16.10)
- GenomicRanges (1.22.4)
- GenomicAlignments (1.6.3)
- Rsubread (1.20.6)
- ggbio (1.18.5)
- aod (1.3)