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documentation:tools:software:r [2021/08/16 08:55] flerouxdocumentation:tools:software:r [2022/07/11 06:05] (Version actuelle) – [R 4.0] ltaulell
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 R is a free software environment for statistical computing and graphics. R is a free software environment for statistical computing and graphics.
 +===== R 4.1 =====
 +^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
 +|  4.1.2  |  foss/2021b  |  **depending on partition**  |  **Debian 11**  |
 +| | **modulefile** : ''R/4.1.2-foss-2021b''  |||
 +|  4.1.1  |  GCC/8.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/4.1.1/bin''  |  **Debian 9**  |
 +| | **modulefile** : ''R/4.1.1''  |||
 +
 +<code>
 +${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
 +</code>
 +
 +Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
 +
 +=== libraries ===
 +
 +Pour cette version de R, il est maintenant conseillé d'installer les packages supplémentaires dans votre home. Voir la documentation à [[documentation:tools:software:r#installation_de_libraries_dans_votre_home|la fin de cette page]].
 +
 +
 ===== R 4.0 ===== ===== R 4.0 =====
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
 +|  4.0.4  |  gcc 10.2.1-6  |  ''/usr/bin''  |  **Debian 11**  |
 +| | **modulefile** : ''none''  |||
 |  4.0.3  |  GCC/8.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/4.0.3/bin''  |  **Debian 9**  | |  4.0.3  |  GCC/8.2.0  |  ''${SITE}/Core/R/4.0.3/bin''  |  **Debian 9**  |
 | | **modulefile** : ''R/4.0.3''  ||| | | **modulefile** : ''R/4.0.3''  |||
 +
  
 <code> <code>
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 <note important>**DESeq** et **DESeq2** ne sont pas installable sur notre version 4.0.3. Si vous avez besoin de l'un ou l'autre, utilisez la version R/3.6.1</note> <note important>**DESeq** et **DESeq2** ne sont pas installable sur notre version 4.0.3. Si vous avez besoin de l'un ou l'autre, utilisez la version R/3.6.1</note>
 +
 +Pour cette version de R, il est maintenant conseillé d'installer les packages supplémentaires dans votre home. Voir la documentation à [[documentation:tools:software:r#installation_de_libraries_dans_votre_home|la fin de cette page]].
 +
 ===== R 3.6 ===== ===== R 3.6 =====
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
Ligne 193: Ligne 217:
 ===== Installation de Libraries dans votre /home ===== ===== Installation de Libraries dans votre /home =====
  
-<note important>**Username** / **R_version** / **Package_name** sont respectivement à remplacer par : +<WRAP center round important 60%> 
-votre nom d'utilisateur +**Username** / **R_version** / **Package_name** sont respectivement à remplacer par : 
-le bon numéro de version R //voir ci-dessus// +  votre nom d'utilisateur 
-le nom de votre package</note>+  le bon numéro de version R //voir ci-dessus// 
 +  le nom de votre package 
 +</WRAP> 
 + 
  
 **1/** Dans votre home, il faut créer un dossier : **1/** Dans votre home, il faut créer un dossier :
Ligne 222: Ligne 250:
 **7/** Enfin, il faudra charger le package : **7/** Enfin, il faudra charger le package :
     library(Package_name)     library(Package_name)
-     
-A noter que les dépendances du package doivent être installées sur le PSMN ou dans votre /home. 
  
-Il faudra également considerer le fait que votre package n'entre pas en conflit avec des installations déjà existantes.+A noter que les dépendances du package doivent être installées sur le PSMN ou dans votre ''/home''.
  
 +Il faudra également considérer le fait que votre package n'entre pas en conflit avec des installations déjà existantes.
  
 ==== Refs & docs externes ==== ==== Refs & docs externes ====
documentation/tools/software/r.1629104116.txt.gz · Dernière modification : 2021/08/16 08:55 de fleroux