documentation:tools:software:rmats[PSMN]

documentation:tools:software:rmats

Cette page est en lecture seule. Vous pouvez afficher le texte source, mais ne pourrez pas le modifier. Contactez votre administrateur si vous pensez qu'il s'agit d'une erreur.

====== rMATS ======

   * Multivariate Analysis of Transcript Splicing (MATS).

^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  4.1.2  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian9/software/Local/rMATS/4.1.2/  |  Debian 9  |
| | **modulefile** : rMATS/4.1.2  ||||
|  4.0.2  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian9/software/Generic/rMATS/4.0.2/UCS4/  |  Debian 9  |
| | **modulefile** : rMATS/4.0.2  ||||

Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

  * rMATS/4.1.2

Will load ''Python/3.8.3'', wrapper is ''run_rmats''.

  * rMATS/4.0.2

<code bash>
# usage:
ml load rMATS/4.0.2
python2 /applis/PSMN/debian9/software/Generic/rMATS/4.0.2/UCS4/rmats.py ...
</code>

''PSMN's Python2 (2.7.13) is built with --enable-unicode=ucs4, so you should use rMATS-turbo-Linux-UCS4 distribution.''

===== Site officiel =====

  * http://rnaseq-mats.sourceforge.net/

documentation/tools/software/rmats.txt · Dernière modification : 2022/03/21 13:25 de ltaulell

Rechercher

Translations

Piste :

Vous êtes ici : accueil » documentation » tools » software » rmats

Navigation

accueil
ateliers
contact
documentation
- clusters
- formations
- tools
  - langages
  - software
    - abinit
    - adf
    - amber
    - apytram
    - atram
    - augustus
    - avogadro
    - bamtools
    - bcftools
    - bedtools
    - bioinfo
    - biopython
    - bismark
    - blast
    - blat
    - blender
    - bowtie
    - braker
    - breakdancer
    - breseq
    - bridger
    - bwakit
    - caars
    - cafs
    - canu
    - cassandra
    - castep
    - celera-wgs
    - clonalframeml
    - clustalomega
    - cmr
    - cobram
    - corset
    - cp2k
    - crystal
    - cufflinks
    - dalton
    - diamond
    - discosnp
    - dmap
    - drompa
    - emboss
    - exonerate
    - express
    - fastq-tools
    - fastqc
    - fasttree
    - fastx-toolkit
    - fftw
    - freebayes
    - freefem
    - gatk
    - gaussian
    - gblocks
    - genemark
    - genesis
    - gfold
    - gmap-gsnap
    - gromacs
    - gubbins
    - hisat
    - hmmer
    - htseq
    - hyphy
    - jellyfish
    - jmol
    - kallisto
    - kissplice
    - lammps
    - macs
    - mafft
    - maple
    - maps
    - matlab
    - meme
    - mira
    - molden
    - molpro
    - mrbayes
    - music
    - namd
    - novocraft
    - nucleominer
    - oases
    - odin
    - openalea
    - p4vasp
    - paml
    - paraview
    - pbsuite
    - phyldog
    - phylobayes
    - phylomerge
    - phyml
    - picard
    - portcullis
    - povray
    - prank
    - primer3
    - prinseq-lite
    - pybigwig
    - pydnase
    - qbox
    - quast
    - quip
    - r
    - raxml
    - rmats
    - rnaseqc
    - rsem
    - rseqc
    - saga
    - sagemath
    - salmon
    - samtools
    - scilab
    - seaview
    - seqan
    - silix
    - snap
    - snpeff
    - snpscanner
    - soapdenovo
    - spades
    - spinevolution
    - sratoolkit
    - star
    - stringtie
    - tablemaker
    - tacorna
    - tcoffee
    - tophat
    - transdecoder
    - trimal
    - trimmomatic
    - trinity
    - trinotate
    - ucsc
    - urqt
    - vapor
    - vasp
    - velvet
    - vesta
    - viennarna
    - vmd
  - cli_tools
- tutorials
en
faq
mesocentre
news
newsfeed
science
tag
wiki
menu
navigation