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documentation:tools:software:trimmomatic [2016/03/22 10:10] – créée ltaulelldocumentation:tools:software:trimmomatic [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 ====== Trimmomatic ====== ====== Trimmomatic ======
 +
 +  *  a multithreaded command line tool that can be used to trim and crop Illumina (fastaq) data as well as to remove adapters. 
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  0.36  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/Trimmomatic/0.36  |  generic  | +|  0.36  |  N/A  |  N/A  |  /usr/share/java/trimmomatic.jar |  Debian9  | 
-| | **modulefile** : Trimmomatic/0.36  ||||+| | **modulefile** : aucun  |||| 
 + 
 +<code bash> 
 +# usage type 
 +TRIMMOMATIC=/usr/share/java/trimmomatic.jar 
 +java -jar $TRIMMOMATIC PE/SE -options -de -trimm -o -matic 
 +</code> 
 + 
 +<code bash> 
 +## Example 
 +## Quick start 
 +# Paired End 
 +java -jar <path to trimmomatic.jar> PE [-threads <threads] [-phred33 | -phred64] [-trimlog <logFile>] <input 1> <input 2> <paired output 1> <unpaired output 1> <paired output 2> <unpaired output 2> <step 1>  
 +</code> 
 + 
 + 
 + 
  
-{{INLINETOC}} 
  
 ===== Site officiel ===== ===== Site officiel =====
  
   * http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic   * http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic
 +
documentation/tools/software/trimmomatic.1458641454.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)