Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tools:software:trimmomatic [2016/12/12 13:57] – ltaulell | documentation:tools:software:trimmomatic [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| ====== Trimmomatic ====== | ====== Trimmomatic ====== | ||
| + | |||
| + | * a multithreaded command line tool that can be used to trim and crop Illumina (fastaq) data as well as to remove adapters. | ||
| ^ Version | ^ Version | ||
| - | | 0.36 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/Trimmomatic/ | + | | 0.36 | N/A | N/A | /usr/share/java/trimmomatic.jar | |
| - | | | **modulefile** : Trimmomatic/ | + | | | **modulefile** : aucun |||| |
| + | <code bash> | ||
| + | # usage type | ||
| + | TRIMMOMATIC=/ | ||
| + | java -jar $TRIMMOMATIC PE/SE -options -de -trimm -o -matic | ||
| + | </ | ||
| <code bash> | <code bash> | ||
| - | module load Java/ | + | ## Example |
| - | module load Trimmomatic/ | + | ## Quick start |
| - | java -jar $TRIMMOMATIC | + | # Paired End |
| + | java -jar <path to trimmomatic.jar> | ||
| </ | </ | ||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
| Ligne 16: | Ligne 28: | ||
| * http:// | * http:// | ||
| + | |||