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documentation:tools:software:trimmomatic [2018/04/20 09:10] – [Trimmomatic] cpetitdocumentation:tools:software:trimmomatic [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  0.36  |  N/A  |  N/A  |  /usr/bin  |  Debian9  |+|  0.36  |  N/A  |  N/A  |  /usr/share/java/trimmomatic.jar |  Debian9  |
 | | **modulefile** : aucun  |||| | | **modulefile** : aucun  ||||
- 
  
 <code bash> <code bash>
 +# usage type
 +TRIMMOMATIC=/usr/share/java/trimmomatic.jar
 java -jar $TRIMMOMATIC PE/SE -options -de -trimm -o -matic java -jar $TRIMMOMATIC PE/SE -options -de -trimm -o -matic
 </code> </code>
 +
 +<code bash>
 +## Example
 +## Quick start
 +# Paired End
 +java -jar <path to trimmomatic.jar> PE [-threads <threads] [-phred33 | -phred64] [-trimlog <logFile>] <input 1> <input 2> <paired output 1> <unpaired output 1> <paired output 2> <unpaired output 2> <step 1> 
 +</code>
 +
 +
  
  
documentation/tools/software/trimmomatic.1524215440.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)