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Trimmomatic

  • a multithreaded command line tool that can be used to trim and crop Illumina (fastaq) data as well as to remove adapters.
Version Compilateur Interconnexion chemin d'accès OS
0.36 N/A N/A /usr/share/java/trimmomatic.jar Debian9
modulefile : aucun
TRIMMOMATIC =/usr/share/java/trimmomatic.jar
java -jar $TRIMMOMATIC PE/SE -options -de -trimm -o -matic

<code bash> ## Quick start # Paired End java -jar <path to trimmomatic.jar> PE [-threads <threads] [-phred33 | -phred64] [-trimlog <logFile>] <input 1> <input 2> <paired output 1> <unpaired output 1> <paired output 2> <unpaired output 2> <step 1> <code>

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documentation/tools/software/trimmomatic.1530518672.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)