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documentation:tools:software:trimmomatic [2018/07/02 08:04] – [Trimmomatic] cpetitdocumentation:tools:software:trimmomatic [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 <code bash> <code bash>
-TRIMMOMATIC =/usr/share/java/trimmomatic.jar+# usage type 
 +TRIMMOMATIC=/usr/share/java/trimmomatic.jar
 java -jar $TRIMMOMATIC PE/SE -options -de -trimm -o -matic java -jar $TRIMMOMATIC PE/SE -options -de -trimm -o -matic
 </code> </code>
  
 <code bash> <code bash>
 +## Example
 ## Quick start ## Quick start
 # Paired End # Paired End
 java -jar <path to trimmomatic.jar> PE [-threads <threads] [-phred33 | -phred64] [-trimlog <logFile>] <input 1> <input 2> <paired output 1> <unpaired output 1> <paired output 2> <unpaired output 2> <step 1>  java -jar <path to trimmomatic.jar> PE [-threads <threads] [-phred33 | -phred64] [-trimlog <logFile>] <input 1> <input 2> <paired output 1> <unpaired output 1> <paired output 2> <unpaired output 2> <step 1> 
-<code>+</code>
  
  
documentation/tools/software/trimmomatic.1530518672.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)