Différences

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-<note>**RAPPEL** : allo-psmn est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, **et c'est tout**. Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''allo-psmn'', sur [[documentation:clusters:services#serveurs_de_compilation|l'un des serveurs de compilation]]</note>
-Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation:tools:sge|à cette page]] ainsi que [[faq:accueil|dans la F.A.Q.]].
-====== Soumettre un job ======
-On utilise la commande ''qsub'' pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :
-<code bash>
-qsub script_paralelle
-</code>
-====== Scripts de soumission ======
-Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN.
-<note warning>Certaines variables ont ici des valeurs fantaisistes, pour vous forcer à les mettre à jour selon [[documentation:clusters:batch#les_files_d_attente|les configurations réelles des files d'attentes]].</note>
-======job parallèle ======
-On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :
-<code bash> qsub script</code>
-<code bash script>
-#!/bin/bash
-#
-### variables SGE
-### shell du job
-#$ -S /bin/bash
-### nom du job (a changer)
-#$ -N SommeVecVecPAR
-### file d'attente (a changer)
-#$ -q E5_test
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
-#$ -pe test_debian 2
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE
-#$ -cwd
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
-#$ -V
-### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m b
-#$ -m e
-# donné par le système de batch
-HOSTFILE=${TMPDIR}/machines
-# aller dans le repertoire de travail/soumission
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
-cd ${SGE_O_WORKDIR}
-# init env (should be in ~/.profile)
-source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-### configurer l'environnement
-module purge
-module load GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0
-### au besoin, forcer l'env OpenMPI
-PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0/"
-MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun
-### execution du programme
-###${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe
-$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} SommeVecVecPAR.exe
-# fin
-</code>
-<note important>:!: OpenMPI 1.5.4 et supérieures \\
-ATTENTION au hostfile :!:</note>
-====== Surveiller un job ======
-Voir [[documentation:tools:sge#surveiller_les_jobs|la documentation]] qui correspond et [[documentation:examples:qstat_cli|les exemples]].

documentation/tutorials/submit/accueil.1575903419.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)

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