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RAPPEL : allo-psmn est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, et c'est tout. Pour travailler, il faut se connecter, depuis
allo-psmn, sur l'un des serveurs de compilation
Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve à cette page ainsi que dans la F.A.Q..
Soumettre un job
On utilise la commande qsub pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :
qsub script_paralelle
Scripts de soumission
Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN.
Certaines variables ont ici des valeurs fantaisistes, pour vous forcer à les mettre à jour selon les configurations réelles des files d'attentes.
job parallèle
On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :
qsub submit_script.sh
- submit_script.sh
#!/bin/bash # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/bash ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecPAR ### file d'attente (a changer) #$ -q E5_test ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) #$ -pe test_debian 2 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m b #$ -m e # donné par le système de batch HOSTFILE="${TMPDIR}/machines" # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; } # init env (should be in ~/.profile) source /usr/share/lmod/lmod/init/bash ### configurer l'environnement module purge module load GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0/" MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun" ### execution du programme ###"${MPIRUN}" -v -prefix "${PREFIX}" -mca btl vader,openib,self -hostfile "${HOSTFILE}" -np "${NSLOTS}" "${EXECDIR}/"SommeVecVecPAR.exe "${MPIRUN}" -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile "${HOSTFILE}" -np "${NSLOTS}" SommeVecVecPAR.exe # fin
D'autres exemples sont disponibles ici
OpenMPI 1.5.4 et supérieures ATTENTION au hostfile
Surveiller un job
Voir la documentation qui correspond et les exemples.