RAPPEL : allo-psmn est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, et c'est tout. Pour travailler, il faut se connecter, depuis
allo-psmn, sur l'un des serveurs de compilation
Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve à cette page ainsi que dans la F.A.Q..
Soumettre un job
On utilise la commande qsub pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :
qsub programme <input >output
Il est possible de rajouter des options :
qsub -V -m b -m e -e /path/to/workdir -o /path/to/workdir -q $QUEUE programme > output.log
avec :
-V : export environment variables -m b : mail @begin -m e : mail @end -e : where to put error files -o : where to put output files -q : file d'attente
Il est plus simple de soumettre simplement un (ou plusieurs) script contenant plus d'options :
qsub -m b -m e monscript
Scripts de soumission
Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN.
Certaines variables ont ici des valeurs fantaisistes, pour vous forcer à les mettre à jour selon les configurations réelles des files d'attentes.
D'autres exemples de scripts (soumission, exécution), exemples de scripts de soumission ainsi que des tutoriaux.
job parallèle (shell tcsh)
On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :
qsub batch.csh
- batch.csh
#!/bin/tcsh # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/tcsh ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecPAR ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) #$ -pe test_debian 2 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # donné par le système de batch set HOSTFILE=${TMPDIR}/machines # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement module load IntelComp/2017.4/OpenMPI/3.0.0 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI set PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0/" set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun ### execution du programme ###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel ###${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe #mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -np ${NSLOTS} SommeVecVecPAR.f90.exe # fin
OpenMPI 1.5.4 et supérieures ATTENTION au hostfile
Surveiller un job
Voir la documentation qui correspond et les exemples.