documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh[PSMN]

documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh

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<note>**RAPPEL** : allo-psmn est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, **et c'est tout**. Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''allo-psmn'', sur [[documentation:clusters:services#serveurs_de_compilation|l'un des serveurs de compilation]]</note>


Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation:tools:sge|à cette page]] ainsi que [[faq:sge|dans la F.A.Q.]].


====== Soumettre un job ======

On utilise la commande ''qsub'' pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :

<code bash>
qsub programme <input >output
</code>

Il est possible de rajouter des options :
<code bash>
qsub -V -m b -m e -e /path/to/workdir -o /path/to/workdir -q $QUEUE programme > output.log
</code>

avec :
<code>
-V : export environment variables
-m b : mail @begin
-m e : mail @end
-e : where to put error files
-o : where to put output files
-q : file d'attente
</code>

**Il est plus simple de soumettre simplement un (ou plusieurs) script contenant plus d'options** :

<code>
qsub -m b -m e monscript
</code>

====== Scripts de soumission ======

Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN.

<note warning>Certaines variables ont ici des valeurs fantaisistes, pour vous forcer à les mettre à jour selon [[documentation:clusters:batch#les_files_d_attente|les configurations réelles des files d'attentes]].</note>

D'autres [[documentation:examples:tutorials_scripts|exemples de scripts (soumission, exécution)]], [[documentation:examples:submit_scripts|exemples de scripts de soumission]] ainsi que [[documentation:tutorials:build:accueil|des tutoriaux]].


======job séquentiel (shell tcsh)======


On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :

<code bash> qsub batch.csh</code>

<code bash batch.csh>
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecSEQ
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be

# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}

### configurer l'environnement
### source /usr/share/modules/init/tcsh
### module use /applis/PSMN/Modules
### module load Base/psmn
module load IntelComp/2017.4 

### execution du programme
##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel
##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat
./SommeVecVecSEQ.f90.exe

# fin
</code>

Travailler dans le /scratch

<code bash batch.csh>
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecSEQ
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be

# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}

### configurer l'environnement
### source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh
### source /usr/share/modules/init/bash
### module use /applis/PSMN/Modules
### module load Base/psmn
module load IntelComp/2017.4

set SCRATCHDIR = `echo $SGE_O_WORKDIR | awk -F "/" '{$2="scratch"; for(j=2;j<=NF;j++) {printf("/%s",$j);} print ""} ' `
/bin/mkdir -p $SCRATCHDIR

/bin/cp -rf SommeVecVecSEQ.f90.exe $SCRATCHDIR/
###/bin/cp -rf $INPUT $SCRATCHDIR/

# go to scratch (instead of workdir) before running binary
cd ${SCRATCHDIR}

### execution du programme
######EXECDIR=/scratch/cicaluga/tempo
set EXECDIR=${SCRATCHDIR}
${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe > output
####./SommeVecVecSEQ.f90.exe

# copy results from scratch to home
/bin/cp -r $SCRATCHDIR/output $SGE_O_WORKDIR/

rm -fr ${SCRATCHDIR}/*

# fin
</code>



====== Surveiller un job ======

Voir [[documentation:tools:sge#surveiller_les_jobs|la documentation]] qui correspond et [[documentation:examples:qstat_cli|les exemples]].

documentation/tutorials/submit/jobsequentieltcsh.txt · Dernière modification : 2021/08/31 09:38 de cicaluga

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