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faq:chimie:cp2k [2021/11/16 10:59] – [Submission script] tjiangfaq:chimie:cp2k [2022/04/22 08:54] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
Ligne 12: Ligne 12:
 module purge module purge
 module use /home/tjiang/modules/lmod module use /home/tjiang/modules/lmod
 +#choose different versions of cp2k
 +#5.1
 module load cp2k/5.1_gcc7.2_avx_pclabaut module load cp2k/5.1_gcc7.2_avx_pclabaut
 #7.1 #7.1
-module load cp2k/7.1_gcc7.2_avx2 +#module load cp2k/7.1_gcc7.2_avx2 
-source /Xnfs/chimie/cp2k/7.1/gcc7.2_avx2/tools/toolchain/install/setup+#source /Xnfs/chimie/cp2k/7.1/gcc7.2_avx2/tools/toolchain/install/setup
  
 cat $TMPDIR/machines cat $TMPDIR/machines
Ligne 38: Ligne 40:
 # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID}/" # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID}/"
    
 +echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}"
 /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}" /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
  
 cp md.inp "${SCRATCHDIR}" cp md.inp "${SCRATCHDIR}"
 cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; } cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; }
-mpirun -x LD_RUN_PATH -x LIBRARY_PATH -x CPATH -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile $TMPDIR/machines -np $NSLOTS cp2k.popt -i md.inp > md.out +mpirun -x LIBRARY_PATH -x CPATH -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile $TMPDIR/machines -np $NSLOTS cp2k.popt -i md.inp > md.out 
-cp -- "${SGE_O_WORKDIR}"+ 
 +#Please change the outputfiles_only to the output files you need to copy back 
 +cp -- outputfiles_only "${SGE_O_WORKDIR}"
 rm -rf "${SCRATCHDIR}" rm -rf "${SCRATCHDIR}"
 </code> </code>
faq/chimie/cp2k.1637060375.txt.gz · Dernière modification : 2021/11/16 10:59 de tjiang