Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| faq:chimie:lammps [2018/07/23 12:30] – créée cpetit | faq:chimie:lammps [2022/03/03 16:29] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| ====== LAMMPS ====== | ====== LAMMPS ====== | ||
| + | ===== Submission script ===== | ||
| + | <code bash sub_lammps.sh> | ||
| + | #!/bin/bash | ||
| + | # | ||
| + | #$ -S /bin/bash | ||
| + | #$ -N C6_equilibration3 | ||
| + | ##$ -q E5-2670deb128B | ||
| + | #$ -q E5_test | ||
| + | #$ -pe test_debian | ||
| + | #$ -cwd | ||
| + | #$ -V | ||
| + | #$ -m be | ||
| + | module purge | ||
| + | module use / | ||
| + | module load lammps/ | ||
| + | |||
| + | # donné par le système de batch | ||
| + | HOSTFILE=" | ||
| + | |||
| + | if [[ -d "/ | ||
| + | then | ||
| + | ### for Lake scratch / CLG* SLG* queues | ||
| + | if [[ -e "/ | ||
| + | then | ||
| + | SCRATCHDIR="/ | ||
| + | ### for E5N scratch / E5* queues | ||
| + | elif [[ -e "/ | ||
| + | then | ||
| + | SCRATCHDIR="/ | ||
| + | ### for Chimie scratch | ||
| + | elif [[ -e "/ | ||
| + | then | ||
| + | SCRATCHDIR="/ | ||
| + | else | ||
| + | echo "/ | ||
| + | exit 1 | ||
| + | fi | ||
| + | else | ||
| + | echo "/ | ||
| + | exit 1 | ||
| + | fi | ||
| + | |||
| + | # Using /tmp as scratch instead | ||
| + | # SCRATCHDIR="/ | ||
| + | |||
| + | echo " | ||
| + | /bin/mkdir -p " | ||
| + | |||
| + | # modifier les noms des fichiers | ||
| + | cd " | ||
| + | cp -f in*.lmp data*.lmp " | ||
| + | #cp -f in*.lmp data*.lmp pair*.lmp " | ||
| + | |||
| + | |||
| + | # modifier noms des fichiers | ||
| + | cd " | ||
| + | mpirun -v -hostfile " | ||
| + | cp -rpf -- outputfiles_only " | ||
| + | rm -f " | ||
| + | |||
| + | </ | ||