Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- faq:chimie:lammps [2020/06/22 14:44] – tjiang
+++ faq:chimie:lammps [2022/03/03 16:29] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-====== AMBER ======
+====== LAMMPS ======
 ===== Submission script =====
-<code bash sub_amber17.sh>
+<code bash sub_lammps.sh>
+#!/bin/bash
+#
+#$ -S /bin/bash
+#$ -N C6_equilibration3
+##$ -q E5-2670deb128B
+#$ -q E5_test
+#$ -pe test_debian  2
+#$ -cwd
+#$ -V
+#$ -m be
+module purge
+module use /home/tjiang/modules/lmod
+module load lammps/trunk
+# donné par le système de batch
+HOSTFILE="${TMPDIR}/machines"
+if [[ -d "/scratch" ]]
+then
+    ### for Lake scratch / CLG* SLG* queues
+    if [[ -e "/scratch/Lake/lake-gfs-scratch" ]]
+    then
+    	SCRATCHDIR="/scratch/Lake/${USER}/${JOB_ID}/"
+    ### for E5N scratch / E5* queues
+    elif [[ -e "/scratch/E5N/E5N-gfs-scratch" ]]
+    then
+    	SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"
+    ### for Chimie scratch
+    elif [[ -e "/scratch/Chimie/chimie-gfs-scratch" ]]
+    then
+    	SCRATCHDIR="/scratch/Chimie/${USER}/${JOB_ID}/"
+    else
+    	echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}"
+    	exit 1
+    fi
+else
+    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}"
+    exit 1
+fi
+# Using /tmp as scratch instead
+# SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID/}"
+echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}"
+/bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
+# modifier les noms des fichiers
+cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; }
+cp -f in*.lmp data*.lmp "${SCRATCHDIR}"
+#cp -f in*.lmp data*.lmp pair*.lmp "${SCRATCHDIR}"
+# modifier noms des fichiers
+cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; }
+mpirun -v -hostfile "${HOSTFILE}" -np "${NSLOTS}" lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp
+cp -rpf -- outputfiles_only "${SGE_O_WORKDIR}"
+rm -f "${SCRATCHDIR}"
 </code>

faq/chimie/lammps.1592837058.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)

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