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AMBER

Submission script

sub_amber17.sh
#!/bin/bash
#
#$ -S /bin/bash
#$ -N C6_equilibration3
##$ -q E5-2670deb128B
#$ -q E5_test
#$ -pe test_debian  2
#$ -cwd
#$ -V
#$ -m be
 
module purge
module use /home/tjiang/modules/lmod
module load lammps/trunk
 
# donné par le système de batch
HOSTFILE=${TMPDIR}/machines
 
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
if [[ -d "/scratch/Chimie" ]]
then
    SCRATCHDIR=/scratch/Chimie/$USER/$JOB_ID/
elif [[ -d "/scratch/Lake" ]]
then
    SCRATCHDIR=/scratch/Lake/$USER/$JOB_ID/
elif [[ -d "/scratch/E5N" ]]
then
    SCRATCHDIR=/scratch/E5N/$USER/$JOB_ID/
else
    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}, fall back to the current directory"
    SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR}
fi
# Using /tmp as scratch instead
# SCRATCHDIR=/tmp/$USER/$JOB_ID/
 
echo $SCRATCHDIR
/bin/mkdir -p $SCRATCHDIR
 
# modifier les noms des fichiers
cp -f in*.lmp data*.lmp ${SCRATCHDIR}/
 
cd ${SCRATCHDIR}
 
# modifier noms des fichiers
mpirun -v -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp
if [[ "$SCRATCHDIR" != "$SGE_O_WORKDIR" ]]
then
    cp -rpf *  ${SGE_O_WORKDIR}/
    rm -f ${SCRATCHDIR}/
fi
faq/chimie/lammps.1592837074.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)